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Enregistrement W3087920238 · doi:10.1101/2020.09.22.20198937

Trans-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation

2020· preprint· en· W3087920238 sur OpenAlexaff
Anubha Mahajan, Cassandra N. Spracklen, Weihua Zhang, Maggie C. Y. Ng, Lauren E. Petty, Hidetoshi Kitajima, Grace Z. Yu, Sina Rüeger, Leo Speidel, Young Jin Kim, Momoko Horikoshi, Josep M. Mercader, Daniel Taliun, Sanghoon Moon, Soo‐Heon Kwak, Neil R. Robertson, Nigel W. Rayner, Marie Loh, Bong-Jo Kim, Joshua Chiou, Irene Miguel-Escalada, Pietro Della Briotta Parolo, Kuang Lin, Fiona Bragg, Michael Preuß, Fumihiko Takeuchi, Jana Nano, Xiuqing Guo, Amel Lamri, Masahiro Nakatochi, Robert A. Scott, Jung‐Jin Lee, Alicia Huerta‐Chagoya, Mariaelisa Graff, Jin Fang Chai, Esteban J. Parra, Jie Yao, Lawrence F. Bielak, Yasuharu Tabara, Yang Hai, Valgerður Steinthórsdóttir, James P. Cook, Mart Kals, Niels Grarup, Ellen M. Schmidt, Ian Pan, Tamar Sofer, Matthias Wuttke, Chloé Sarnowski, Christian Gieger, Darryl Nousome, Stella Trompet, Jirong Long, Meng Sun, Lin Tong, Wei‐Min Chen, Meraj Ahmad, Raymond Noordam, Victor JY Lim, Claudia H. T. Tam, Yoonjung Yoonie Joo, Chien-Hsiun Chen, Laura M. Raffield, Nisa M. Maruthur, Bram P. Prins, Aude Nicolas, Lisa R. Yanek, Guanjie Chen, Richard A. Jensen, Salman M. Tajuddin, Edmond K. Kabagambe, Ping An, Anny H. Xiang, Hyeok Sun Choi, Brian E. Cade, Jingyi Tan, Fernando Abaitua, Linda S. Adair, Adebowale Adeyemo, Carlos A. Aguilar‐Salinas, Masato Akiyama, Sonia S. Anand, Alain G. Bertoni, Zheng Bian, Jette Bork‐Jensen, Ivan Brandslund, Jennifer A. Brody, Chad M. Brummett, Thomas A. Buchanan, Mickaël Canouil, Juliana C.N. Chan, Li-Ching Chang, Miao-Li Chee, Ji Chen, Shyh‐Huei Chen, Yuan-Tsong Chen, Zhengming Chen, Lee‐Ming Chuang, Mary Cushman, Swapan K. Das, H. Janaka de Silva, George Dedoussis, Latchezar Dimitrov, Ayo P. Doumatey, Shufa Du, Qing Duan, Kai‐Uwe Eckardt, Leslie S. Emery, Daniel S. Evans, Michele K. Evans, Krista Fischer, James S. Floyd, Ian Ford, Myriam Fornage, Oscar H. Franco, Timothy M. Frayling, Barry I. Freedman, Christian Fuchsberger, Pauline Genter, Hertzel C. Gerstein, Vilmantas Giedraitis, Clicerio González‐Villalpando, María Elena González-Villalpando, Mark O. Goodarzi, Penny Gordon‐Larsen, David U. Gorkin, Myron D. Gross, Yu Guo, Sophie Hackinger, Sohee Han, Andrew T. Hattersley, Christian Herder, Annie-Green Howard, Willa A. Hsueh, Mengna Huang, Wei Huang, Yi‐Jen Hung, Mi Yeong Hwang, Chii‐Min Hwu, Sahoko Ichihara, M. Arfan Ikram, Martin Ingelsson, Tariqul Islam, Masato Isono, Hye-Mi Jang, Farzana Jasmine, Guozhi Jiang, Jost B. Jonas, Marit E. Jørgensen, Torben Jørgensen, Fouad Kandeel, Anuradhani Kasturiratne, Tomohiro Katsuya, Varinderpal Kaur, Takahisa Kawaguchi, Jacob M. Keaton, Abel Kho, Chiea Chuen Khor, Muhammad G. Kibriya, Duk-Hwan Kim, Katsuhiko Kohara, Jennifer Kriebel, Florian Kronenberg, Johanna Kuusisto, Kristi Läll, Leslie A. Lange, Myung‐Shik Lee, Sang Lee, Aaron Leong, Liming Li, Yun Li, Ruifang Li‐Gao, Symen Ligthart, Cecilia M. Lindgren, Allan Linneberg, Ching‐Ti Liu, Jianjun Liu, Adam E. Locke, Tin Louie, Jian’an Luan, Andrea O. Y. Luk, Xi Luo, Jun Lv, Valeriya Lyssenko, Vasiliki Mamakou, K. Radha Mani, Thomas Meitinger, Andres Metspalu, Andrew D. Morris, Girish N. Nadkarni, Jerry L. Nadler, Michael A. Nalls, Uma Nayak, Ioanna Ntalla, Yukinori Okada, Lorena Orozco, Sanjay R. Patel, Mark A. Pereira, Annette Peters, Fraser Pirie, Bianca Porneala, Gauri Prasad, Sebastian Preißl, Laura J. Rasmussen‐Torvik, Alex P. Reiner, Michael Roden, Rebecca Rohde, Katheryn Roll, Charumathi Sabanayagam, Maike Sander, Kevin Sandow, Naveed Sattar, Sebastian Schönherr, Claudia Schurmann, Hasan Shahriar, Jinxiu Shi, Dong Mun Shin, Daniel Shriner, Jennifer A. Smith, Wing Yee So, Alena Stančáková, Adrienne M. Stilp, Konstantin Strauch, Ken Suzuki, Atsushi Takahashi, Kent D. Taylor, Barbara Thorand, Guðmar Þorleifsson, Unnur Þorsteinsdóttir, Brian Tomlinson, Jason Torres, Fuu‐Jen Tsai, Jaakko Tuomilehto, Teresa Tusié‐Luna, Miriam S. Udler, Adán Valladares‐Salgado, Rob M. van Dam, Jan B. van Klinken, Rohit Varma, Marijana Vujković, Niels H. Wacher, Ellie Wheeler, Eric A. Whitsel, Konstantin Willems van Dijk, Daniel R. Witte, Chittaranjan S. Yajnik, Ken Yamamoto, Toshimasa Yamauchi, Loïc Yengo, Kyungheon Yoon, Canqing Yu, Jian-Min Yuan, Salim Yusuf, Liang Zhang, Wei Zheng, FinnGen, Leslie J. Raffel, Michiya Igase, Eli Ipp, Susan Redline, Yoon Shin Cho, Lars Lind, Michael A. Province, Craig L. Hanis, Patricia A. Peyser, Erik Ingelsson, Alan B. Zonderman, Bruce M. Psaty, Ya Xing Wang, Charles N. Rotimi, Diane M. Becker, Fumihiko Matsuda, Eleftheria Zeggini, Mitsuhiro Yokota, Stephen S. Rich, Charles Kooperberg, James S. Pankow, James C. Engert, Yii‐Der Ida Chen, Philippe Froguel, James G. Wilson, Wayne HH Sheu, Sharon LR Kardia, Jer‐Yuarn Wu, M. Geoffrey Hayes, Ronald C.W., Tien Yin Wong, Dennis O. Mook‐Kanamori, Giriraj R. Chandak, Francis S. Collins, Dwaipayan Bharadwaj, Guillaume Paré, Michèle M. Sale, Habibul Ahsan, Ayesha A. Motala, Xiao-Ou Shu, Kyong Soo Park, J. Wouter Jukema, Miguel Cruz, Roberta McKean‐Cowdin, Harald Grallert, Ching‐Yu Cheng, Erwin P. Böttinger, Abbas Dehghan, E Shyong Tai, Josée Dupuis, Norihiro Kato, Markku Laakso, Anna Köttgen, Woon-Puay Koh, Simin Liu, Gonçalo R. Abecasis, Jaspal S. Kooner, Ruth J. F. Loos, Kari E. North, Christopher A. Haiman, José C. Florez, Danish Saleheen, Torben Hansen, Oluf Pedersen, Reedik Mägi, Claudia Langenberg, Nicholas J. Wareham, Shiro Maeda, Takashi Kadowaki, Juyoung Lee, Iona Y. Millwood, Robin Walters, Kāri Stefánsson, Simon Myers, Jorge Ferrer, Kyle J. Gaulton, James B. Meigs, Karen L. Mohlke, Anna L. Gloyn, Donald W. Bowden, Jennifer E. Below, John C. Chambers, Xueling Sim, Michael Boehnke, Jerome I. Rotter, Mark I. McCarthy, Andrew P. Morris

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill UniversityImpactHamilton Health SciencesUniversity of TorontoMcMaster UniversityPopulation Health Research Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenome-wide association studyType 2 diabetesGeneticsGenetic associationBiologyEvolutionary biologyPopulation stratificationPopulationTranslation (biology)1000 Genomes ProjectComputational biologyTransferabilityGenomeGenetic genealogyGeneGenotypeSingle-nucleotide polymorphismMedicineDiabetes mellitusComputer scienceEnvironmental healthMachine learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT We assembled an ancestrally diverse collection of genome-wide association studies of type 2 diabetes (T2D) in 180,834 cases and 1,159,055 controls (48.9% non-European descent). We identified 277 loci at genome-wide significance ( p <5×10 -8 ), including 237 attaining a more stringent trans-ancestry threshold ( p <5×10 -9 ), which were delineated to 338 distinct association signals. Trans-ancestry meta-regression offered substantial enhancements to fine-mapping, with 58.6% of associations more precisely localised due to population diversity, and 54.4% of signals resolved to a single variant with >50% posterior probability. This improved fine-mapping enabled systematic assessment of candidate causal genes and molecular mechanisms through which T2D associations are mediated, laying foundations for functional investigations. Trans-ancestry genetic risk scores enhanced transferability across diverse populations, providing a step towards more effective clinical translation to improve global health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,048
Score d'incertitude au seuil0,425

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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