Extragenital testing increases case detection of gonorrhea and chlamydia: The impact of implementing nucleic acid amplification testing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Nucleic acid amplification testing (NAAT) was validated in Ontario in 2018 to test for chlamydia and gonorrhea at extragenital (pharyngeal, rectal) sites. Prior to this validation, extragenital testing could be done only by culture in Ontario. The objective of this study was to determine the number and proportion of gonorrhea and chlamydia cases that were detected exclusively through extragenital (pharyngeal and/or rectal) testing after the implementation of extragenital NAAT for these two infections at Sexual Health Clinic among gay, bisexual, and other men who have sex with men (gbMSM). METHODS: Case and laboratory data from before and after NAAT implementation were used to compare the rates of diagnosis of gonorrhea and chlamydia among gbMSM who presented at Sexual Health Clinics and the percent increase in diagnoses in gbMSM in the entire population. RESULTS: Among gbMSM seen at the clinic after implementation of NAAT testing, 70% of gonorrhea cases and 65% of chlamydia cases were detected exclusively at extragenital sites, corresponding to a four and two-fold increase, respectively, in the average annual number of cases diagnosed. As well, although approximately 50% more pharyngeal than rectal testing occurred, a higher proportion of chlamydia cases were detected rectally than would have been expected; this was not the case for gonorrhea, where most infections were pharyngeal. CONCLUSION: It is important that clinicians perform extragenital testing among gbMSM who have sexual contact involving extragenital sites with more than one partner.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,038 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».