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Enregistrement W3088376108 · doi:10.1038/s41598-020-72564-9

Spatial mapping of the collagen distribution in human and mouse tissues by force volume atomic force microscopy

2020· article· en· W3088376108 sur OpenAlexaff
Annalisa Calò, Yevgeniy Romin, Rami Srouji, Constantinos P. Zambirinis, Ning Fan, Anthony Santella, Elvin Feng, Sho Fujisawa, Mesruh Turkekul, Sharon Huang, Amber L. Simpson, Michael I. D’Angelica, William R. Jarnagin, Katia Manova‐Todorova

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular Mechanics and Interactions
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterAlan and Sandra Gerry Metastasis and Tumor Ecosystems CenterAdvanced Storage Research ConsortiumCity University of New York
Mots-clésElastic modulusAtomic force microscopyExtracellular matrixMicrometerBiomedical engineeringMaterials scienceBiological systemBiophysicsMicroscopyResolution (logic)Collagen fibrilMatrix (chemical analysis)NanotechnologyElasticity (physics)ChemistryComputer scienceOpticsComposite materialBiologyPhysicsBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Changes in the elastic properties of living tissues during normal development and in pathological processes are often due to modifications of the collagen component of the extracellular matrix at various length scales. Force volume AFM can precisely capture the mechanical properties of biological samples with force sensitivity and spatial resolution. The integration of AFM data with data of the molecular composition contributes to understanding the interplay between tissue biochemistry, organization and function. The detection of micrometer-size, heterogeneous domains at different elastic moduli in tissue sections by AFM has remained elusive so far, due to the lack of correlations with histological, optical and biochemical assessments. In this work, force volume AFM is used to identify collagen-enriched domains, naturally present in human and mouse tissues, by their elastic modulus. Collagen identification is obtained in a robust way and affordable timescales, through an optimal design of the sample preparation method and AFM parameters for faster scan with micrometer resolution. The choice of a separate reference sample stained for collagen allows correlating elastic modulus with collagen amount and position with high statistical significance. The proposed preparation method ensures safe handling of the tissue sections guarantees the preservation of their micromechanical characteristics over time and makes it much easier to perform correlation experiments with different biomarkers independently.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,057
Score d'incertitude au seuil0,240

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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