Conceptualisation d'un système de suivi spatio-temporel de la campylobactériose en Estrie (Québec)
Notice bibliographique
Résumé
Résumé : Depuis plusieurs années, la géomatique occupe une place de plus en plus importante dans la compréhension des phénomènes complexes ou la dimension spatiale est requise. De nombreuses données sont nécessaires pour faire l’étude de la distribution du Campylobacter dans l’environnement. La bactérie Campylobacter jejuni (CJ ) est un pathogène entérique responsable d'environ 300 0 cas de campylobacteriose humaine par année au Québec . Le principal moyen de transmission de C J serait la consommation ou la manipulation de volaille crue ou mal cuite ainsi que la consommation d'eau contaminée ou de produits laitiers non pasteurises. L'objectif principal du projet CampyloGIS est d'utiliser un système d'information géographique (SIG ) pour représenter spatialement les cas de campylobacteriose humaine acquis en Estrie en vue d'obtenir des informations d'aide à la décision dans la lutte contre la maladie. Les objectifs particuliers à la présente recherche sont de créer le modèle conceptuel du SIG. Le site d'étude choisi dans le cadre du projet CampyloGIS est la région de l’Estrie, au Québec. Le modèle conceptuel de l’annexe 1 a été construit à partir des hypothèses de recherche de CampyloGIS. II a permis de bien agencer les besoins thématiques en fonction des hypothèses de recherche de CampyloGIS. Donc, la construction du modèle conceptuel a permis de mieux cerner les différents thèmes inclus dans chaque hypothèse de recherche en plus de faciliter le travail d'identification des données nécessaires a chaque thème. Aussi, de par la hiérarchisation et les regroupements de concepts effectues dans le modèle conceptuel, une partie de la modélisation spatiale du SIG a été faite en amont du modèle logique. Par ce travail, les données nécessaires à la création du SIG ont pu être identifiées précisément regroupées en fonction des questions soulevées par le projet. Lors d'un stage sur le terrain au cours de l’hiver 2007 , nous avons observé que les sources potentielles de contamination des cours d'eau en Estrie par la bactérie C J étaient : l’activité agricole, les sorties d'égout en milieu fortement urbanise (Sherbrooke) , les fosses septiques et/ou champs d'épuration en milieu inondable ou près des cours d'eau ainsi que les rassemblements importants d'oiseaux situes près des points de collecte. // Abstract : Over recent years, geomatics has taken increasing importance place in the understanding of complex phenomena where a spatial dimension is requested. According to previous studies, the analysis of the distribution of campylobacter in the environment requires considerable data. Campylobacter jejuni (CJ) is an enteric pathogen that causes 3000 cases of human campylobacteriosis per year in Québec only. The main transmission mechanism for CJ is probably the consumption or the manipulation of raw or insufficently cooked poultry or the consumption of contamined water and unpasteurised dairy products. The main objective of the CampyloGIS project is to use a GIS to spatially represent human campylobacteriosis cases in the Eastern Townships area, to obtain information that will aid decision-making by Public Health authorities for disease control. The particular objectives of the present research are to create the conceptual model for the GIS. The study area chosen for the CampyloGIS project is the Eastern Townships area in Québec. The conceptual model presented in annex 1 has been built from the CampyloGIS research hypotheses. The conceptual model has allowed us to match the thematic needs according to the research hypotheses of CampyloGIS. Accordingly, the construction of the conceptual model has allowed us to better delineate the themes included in each of the research hypotheses and to facilitate data identification work for each theme. Thanks to the concept grouping and hierarchy established in the conceptual model, a part of the GIS spatial modelisation was already made possible by the logical model. From this work, the data needed for the creation of the GIS was precisely identified and grouped according to the questions the project wanted to answer. During field work done during the winter of 2007, it has been possible to observe that possible sources of river contamination by CJ included agricultural activities, sewers pipes in urban areas (Sherbrooke), septic pits in floodable areas or near rivers, and the gathering of numerous birds near the water collecting points.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,007 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».