A screen for novel targets casts polyphosphorylation of lysine as a common post‐translational modification
Notice bibliographique
Résumé
Polyphosphates (polyP) are long chains of linked inorganic phosphates ranging from 3–1000s of residues in length. They are found in all organisms and play critical roles in a range of functions including blood clotting and bacterial virulence. Given its diverse roles, polyP is an attractive target for novel therapies. Recently, it was shown that polyP can be non‐enzymatically added to protein targets within poly‐acidic, serine, and lysine rich (PASK) motifs as a lysine post‐translational modification termed polyphosphorylation. This modification was described for two yeast proteins, Nsr1 and Top1. In yeast, polyP is initially synthesized by a polyP synthetase (VTC4) and subsequently added as a PTM non‐enzymatic. Our lab has developed a screen to assess polyphosphorylation of yeast substrates wherein we uncovered 25 novel substrates including a conserved network of proteins functioning in ribosome biogenesis. Disruption of this polyP synthesis through vtc4D deletion results in translation defects as measured by polysome profiling. Finally, we found that expression of E. coli polyP synthetase ( Ec PPK1) in vtc4D mutant yeast results in extreme sensitivity to rapamycin and cycloheximide, despite its ability to restore polyphosphorylation of multiple yeast targets. We propose a model wherein polyphosphorylation of unique targets regulates multiple aspects of cell growth. Moreover, regulation of polyphosphorylation in space and time is critical to preserve essential cell functions, such as ribosome function. Support or Funding Information The funding agencies that support this research are: University of Ottawa and CIHR This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».