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Enregistrement W3090042218 · doi:10.1093/gigascience/giaa095

An extensible big data software architecture managing a research resource of real-world clinical radiology data linked to other health data from the whole Scottish population

2020· article· en· W3090042218 sur OpenAlexfundno aff
Thomas Nind, James M. Sutherland, Gordon McAllister, Douglas Hardy, Alastair Hume, Ruairidh MacLeod, Jacqueline Caldwell, Susan Krueger, Leandro Tramma, Ross Teviotdale, Mohammed Abdelatif, Kenneth Gillen, Joseph Ward, Donald Scobbie, Ian Baillie, Andrew Brooks, Bianca Prodan, William Kerr, Dominic Sloan-Murphy, Juan F. R. Herrera, Dan C. McManus, Carole Morris, Carol Sinclair, Rob Baxter, Mark Parsons, Andrew D. Morris, Emily Jefferson

Notice bibliographique

RevueGigaScience · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueArtificial Intelligence in Healthcare and Education
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEconomic and Social Research CouncilEngineering and Physical Sciences Research CouncilChief Scientist Office, Scottish Government Health and Social Care DirectorateMedical Research Council CanadaMedical Research CouncilPublic Health AgencyDepartment of Health and Social CareBritish Heart FoundationScottish GovernmentHealth and Social Care Research and Development DivisionNational Institute for Health and Care ResearchNHS Health ScotlandWellcome TrustUniversity of Dundee
Mots-clésComputer scienceData scienceResource (disambiguation)SoftwarePopulationBig dataOpen dataArchitectureData managementModalitiesWorld Wide WebData miningMedicineGeography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

AIM: To enable a world-leading research dataset of routinely collected clinical images linked to other routinely collected data from the whole Scottish national population. This includes more than 30 million different radiological examinations from a population of 5.4 million and >2 PB of data collected since 2010. METHODS: Scotland has a central archive of radiological data used to directly provide clinical care to patients. We have developed an architecture and platform to securely extract a copy of those data, link it to other clinical or social datasets, remove personal data to protect privacy, and make the resulting data available to researchers in a controlled Safe Haven environment. RESULTS: An extensive software platform has been developed to host, extract, and link data from cohorts to answer research questions. The platform has been tested on 5 different test cases and is currently being further enhanced to support 3 exemplar research projects. CONCLUSIONS: The data available are from a range of radiological modalities and scanner types and were collected under different environmental conditions. These real-world, heterogenous data are valuable for training algorithms to support clinical decision making, especially for deep learning where large data volumes are required. The resource is now available for international research access. The platform and data can support new health research using artificial intelligence and machine learning technologies, as well as enabling discovery science.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,018
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,028
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Logiciel · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,093

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0180,028
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,003
Bibliométrie0,0040,003
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0060,007
Science ouverte0,0060,010
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,734
Tête enseignante GPT0,578
Écart entre enseignants0,156 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreLogiciel

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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