Receptor Binding Domains and Coronavirus Adaptation and Evolution
Notice bibliographique
Résumé
Coronaviruses are enveloped RNA viruses that cause respiratory diseases in humans and other animals. The continued circulation of human coronaviruses and the large reservoir of non-human coronaviruses that have the potential to infect humans represent a significant health concern. Similar to other RNA viruses, coronaviruses are characterized by a high mutation rate, and evolution and adaptation has accompanied the diversification of coronaviruses. The coronavirus spike protein is a viral membrane protein involved in host receptor binding and fusion of the viral and host cell membranes. Reported here is work performed on the spike proteins of two human common cold causing coronaviruses: HCoV-229E and HCoV-OC43. Specifically, the X-ray crystal structures of the following were determined: i) the receptor binding domain (RBD) of the S-protein of HCoV-229E in complex with human aminopeptidase N (hAPN) and ii) the carbohydrate binding domain (CBD) of the S-protein of HCoV-OC43 in complex with 9-O-Acetyl-N-acetylneuraminic acid (Neu5,9Ac2). In addition, viral sequence analysis, binding studies, and comparative sequence and structural analysis among closely related coronaviruses were performed. The observation that the greatest variability shown by natural viral isolates of HCoV-229E is located in the receptor binding loops is quite surprising from a receptor binding standpoint. However, this observation suggests that the receptor binding region is changing due to viral selection. Indeed, our results indicate that the optimization of receptor binding affinity and/or immune evasion, two known determinants of viral fitness, are operative in the emergence of new viral isolates. Although less well characterized at this point, natural viral sequence variation at or near the carbohydrate binding site of HCoV-OC43 is also observed, an indication that similar selection pressures are operative. Together, our results provide mechanistic insights into coronavirus adaptation and evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».