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Enregistrement W3090845272 · doi:10.1101/2020.09.12.294744

The chaos in calibrating crop models

2020· preprint· en· W3090845272 sur OpenAlexafffund
Daniel Wallach, Taru Palosuo, Peter J. Thorburn, Zvi Hochman, Emmanuelle Gourdain, Fety Nambinina Andrianasolo, Senthold Asseng, Bruno Basso, Samuel Buis, N.M.J. Crout, Camilla Dibari, Benjamin Dumont, Roberto Ferrise, Thomas Gaiser, Cécile Garcia, Sebastian Gayler, Afshin Ghahramani, Santosh Hiremath, Steven Hoek, Heidi Horan, Gerrit Hoogenboom, Mingxia Huang, Mohamed Jabloun, Per‐Erik Jansson, Qi Jing, Éric Justes, Kurt Christian Kersebaum, Anne Klosterhalfen, Marie Launay, Elisabet Lewan, Qunying Luo, Bernardo Maestrini, Henrike Mielenz, Marco Moriondo, Hasti Narimanzadeh, Gloria Padovan, Jørgen E. Olesen, Arne Poyda, Eckart Priesack, Johannes Wilhelmus Maria Pullens, Budong Qian, Niels Schütze, Vakhtang Shelia, Amir Souissi, Xenia Specka, Amit Kumar Srivastava, Tommaso Stella, Thilo Streck, Giacomo Trombi, Evelyn Wallor, Jing Wang, Tobias K. D. Weber, Lutz Weihermüller, Allard de Wit, Thomas Wöhling, Liujun Xiao, Chuang Zhao, Yan Zhu, Sabine J. Seidel

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueClimate change impacts on agriculture
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesBonaResNational Science Fund for Distinguished Young ScholarsChina Scholarship CouncilNational Key Research and Development Program of ChinaInstitut National de la Recherche AgronomiqueHigher Education Discipline Innovation ProjectPriority Academic Program Development of Jiangsu Higher Education InstitutionsBundesministerium für Bildung und ForschungAcademy of FinlandNational Institute of Food and AgricultureDeutsche ForschungsgemeinschaftU.S. Department of AgricultureUniversity of Southern QueenslandAgriculture and Agri-Food CanadaNational Science Foundation
Mots-clésCalibrationComputer scienceSoftwareFunction (biology)Data miningBaseline (sea)Machine learningStatisticsMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Calibration, the estimation of model parameters based on fitting the model to experimental data, is among the first steps in many applications of system models and has an important impact on simulated values. Here we propose and illustrate a novel method of developing guidelines for calibration of system models. Our example is calibration of the phenology component of crop models. The approach is based on a multi-model study, where all teams are provided with the same data and asked to return simulations for the same conditions. All teams are asked to document in detail their calibration approach, including choices with respect to criteria for best parameters, choice of parameters to estimate and software. Based on an analysis of the advantages and disadvantages of the various choices, we propose calibration recommendations that cover a comprehensive list of decisions and that are based on actual practices. Highlights We propose a new approach to deriving calibration recommendations for system models Approach is based on analyzing calibration in multi-model simulation exercises Resulting recommendations are holistic and anchored in actual practice We apply the approach to calibration of crop models used to simulate phenology Recommendations concern: objective function, parameters to estimate, software used

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,033
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,117
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,967
Score d'incertitude au seuil0,172

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0330,117
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0030,004
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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