Nearly Half of <i>TP53</i> Germline Variants Predicted To Be Pathogenic in Patients With Osteosarcoma Are De Novo: A Report From the Children’s Oncology Group
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE To ascertain the prevalence of recurrent de novo variants among 240 pediatric patients with osteosarcoma (OS; age < 20 years) unselected for family history of cancer. METHODS The identification of de novo variants was implemented in 2 phases. In the first, we identified genes with a rare (minor allele frequency < 0.01) de novo variant in > 1 of the 95 case-parent trios examined by whole-exome sequencing (WES) who passed quality control measures. In phase 2, 145 additional patients with OS were evaluated by targeted sequencing to identify rare de novo variants in genes nominated from phase 1. Recurrent rare variants identified from phase 1 and 2 were verified as either de novo or inherited by Sanger sequencing of affected patients and their parents. Categorical and continuous data were analyzed using Fisher exact test and t tests, respectively. RESULTS Among 95 case-parent trios who underwent WES, we observed 61 de novo variants in 60 genes among 47 patients, with TP53 identified as the only gene with a pathogenic or likely pathogenic (P/LP) de novo variant in more than one case-parent trio. Among all 240 patients with OS, 13 (5.4%) harbored a P/LP TP53 germline variant, of which 6 (46.2%) were confirmed to be de novo. CONCLUSION Apart from TP53, we did not observe any other recurrent de novo P/LP variants in the case-parent trios, suggesting that new mutations in other genes are not a frequent cause of pediatric OS. That nearly half of P/LP TP53 variants in our sample were de novo suggests universal screening for germline TP53 P/LP variants among pediatric patients with OS should be considered.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle