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Enregistrement W3091465868 · doi:10.1158/1557-3265.covid-19-po-068

Abstract PO-068: Efforts to define biochemical and pharmacologic pathways potentially beneficial to both cancer and COVID-19 patients

2020· article· en· W3091465868 sur OpenAlexaff
Ugo Rovigatti, Amedeo Vannacci, Simone Del Corto, Ignacio Martín‐Loeches, Andrea Piccin, Nizar Naji, Carmel Mothersill

Notice bibliographique

RevueClinical Cancer Research · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePARP inhibition in cancer therapy
Établissements canadiensMcMaster UniversityUniversity of Windsor
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCancerMedicineOncogeneHydroxychloroquineDrug repositioningPharmacologyCoronavirus disease 2019 (COVID-19)DrugBioinformaticsBiologyCell cycleInternal medicineDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Since COVID-19 infections have been frequently diagnosed in cancer patients, often associated with worst prognosis (1), an effort was conducted in order to identify biomolecular pathways and repurposable drugs, which could benefit patients for COVID-19 and cancer at the same time. Starting from over 3265 PubMed references, we have screened approximately 650 abstracts in order to identify the two most interesting pathways. Abstract were independently read and selected by UR and AV and then discussed in video conferences. Final decision on biochemical pathways or particular drugs was agreed only after identification of potential underlying molecular mechanism(s) for both COVID-19 and specific cancer types. Both impinge on the basic structure of 4-aminoquinoline, which is the alkaloid backbone of several important compounds effective in parasitology, rheumatology and cancer treatment. Their pharmacologic utilization was initiated with the discovery of quinine from the bark of the cinchona tree (1630) with further synthetic drugs developments such as chloroquine (CQ) and hydroxychloroquine (HCQ) in 1949-50, all variants of the 4-aminoquinoline family (2). 1. One pathway targets the PNP enzymes (purine nucleoside phosphorylases), dysregulation of which is often associated with apoptosis in cancer cells. PNP has been considered an oncogene, which is downregulated by tumor suppressors in PCa (miR-I; miR-133) (3). PNP inhibition has been demonstrated by strong binding of the aminoquinoline quinine through several MS technologies (4). We are investigating whether this is also true for COVID-19. 2. A second pathway is associated with HCQ usage. We have recently reviewed how HCQ at higher dosage could benefit COVID-19 patients, if they are treated in the earlier (or prophylactic) phases of the disease (5). Despite the wide publicity of HCQ negative effects, the results of Mehra et al. in Lancet have been recently questioned in an open letter on several scientific and ethical grounds and the paper has been finally retracted. Furthermore, there are still few and small RCTs testing this drug in the early disease phases. HCQ behaves as a weak base that is typically trapped inside the acidic environment of phagocytic organelle—such as lysosomes—thus raising their pH (2). Therefore, in the presence of lysosomotropic HCQ: 1. SARS-CoV-2 appears to be blocked inside lysosomes and devoid of the proteolytic cleavage required for infection (6) and 2. in cancer cells, the important mechanism of autophagy is strongly inhibited, causing tumor shrinkage or apoptosis (also in association with chemotherapy) (7). We are presently investigating HCQ effects in patients’ tumors explants or surrogate tissues. Our efforts in identifying molecular/pharmacologic pathways that could benefit patients for both COVID-19 and cancer led to the identification of at least two pathways, PNP and autophagy—both associated to 4-aminoquinoline derivatives—which are now being studied in experimental models. Citation Format: Ugo Rovigatti, Amedeo Vannacci, Simone Del Corto, Ignacio Martin-Loeches, Andrea Piccin, Nizar Naji, Carmel Mothersill. Efforts to define biochemical and pharmacologic pathways potentially beneficial to both cancer and COVID-19 patients [abstract]. In: Proceedings of the AACR Virtual Meeting: COVID-19 and Cancer; 2020 Jul 20-22. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2020;26(18_Suppl):Abstract nr PO-068.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil0,137

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0050,004
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0410,007

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,327
Tête enseignante GPT0,540
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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