Single-Nucleus RNA-Seq Is Not Suitable for Detection of Microglial Activation Genes in Humans
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) is used as an alternative to single-cell RNA-seq, as it allows transcriptomic profiling of frozen tissue. However, it is unclear whether snRNA-seq is able to detect cellular state in human tissue. Indeed, snRNA-seq analyses of human brain samples have failed to detect a consistent microglial activation signature in Alzheimer's disease. Our comparison of microglia from single cells and single nuclei of four human subjects reveals that, although most genes show similar relative abundances in cells and nuclei, a small population of genes (∼1%) is depleted in nuclei compared to whole cells. This population is enriched for genes previously implicated in microglial activation, including APOE, CST3, SPP1, and CD74, comprising 18% of previously identified microglial-disease-associated genes. Given the low sensitivity of snRNA-seq to detect many activation genes, we conclude that snRNA-seq is not suited for detecting cellular activation in microglia in human disease.
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La notice
- Revue
- Cell Reports
- Thématique
- Neuroinflammation and Neurodegeneration Mechanisms
- Domaine
- Neuroscience
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Fondation pour la Recherche sur AlzheimerUK Dementia Research InstituteIpsenVlaamse regeringNIHR Imperial Biomedical Research CentreVlaams Instituut voor BiotechnologieKU LeuvenEuropean CommissionImperial College LondonMedical Research CouncilBiogenCelgeneGlaxoSmithKlineRocheNational Institute for Health and Care ResearchAlzheimer SocietyFonds Wetenschappelijk OnderzoekNovartisEuropean Resuscitation CouncilAlzheimer's Association
- Mots-clés
- RNA-SeqNucleusGeneRNACell biologyComputational biologyBiologyTranscriptomeGene expressionNeuroscienceGenetics
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui