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Enregistrement W3091738446 · doi:10.1101/2020.09.30.316257

Widely used mutants of <i>eiger</i> , encoding the <i>Drosophila</i> Tumor Necrosis factor, carry additional mutations in the NimrodC1 phagocytosis receptor

2020· preprint· en· W3091738446 sur OpenAlexaff
Albana Kodra, Claire de la Cova, Abigail R. Gerhold, Laura A. Johnston

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueInvertebrate Immune Response Mechanisms
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBiologyCell biologyMutantPhagocytosisApoptosisImaginal discPhenotypeTumor necrosis factor alphaProgrammed cell deathGeneticsMolecular biologyGeneImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The process of apoptosis in epithelia involves activation of caspases, delamination of cells, and degradation of cellular components. Corpses and cellular debris are then rapidly cleared from the tissue by phagocytic blood cells. In studies of the Drosophila TNF, Eiger (Egr) and cell death in wing imaginal discs, the epithelial primordia of fly wings, we noticed that dying cells persisted longer in egr 3 mutant wing discs than in wild type discs, raising the possibility that their phagocytic engulfment by hemocytes was impaired. Further investigation revealed that lymph glands and circulating hemocytes from egr 3 mutant larvae were completely devoid of NimC1 staining, a marker of phagocytic hemocytes. Genome sequencing uncovered mutations in the NimC1 coding region that are predicted to truncate the NimC1 protein before its transmembrane domain, and provide an explanation for the lack of NimC staining. The work that we report here demonstrates the presence of these NimC1 mutations in the widely used egr 3 mutant, its sister allele, egr 1 , and its parental strain, Regg1 GS9830 . As the egr 3 and egr 1 alleles have been used in numerous studies of immunity and cell death, it may be advisable to re-evaluate their associated phenotypes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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