PSIII-16 Genome-wide association mapping and functional analysis of body weight, feed intake and walking ability in turkeys
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The underlying genetic mechanisms affecting turkey growth traits have not been widely investigated. Over the last few years, genome-wide association studies (GWAS) became the de facto approach to identify candidate regions associated with complex phenotypes and diseases in livestock. In the present study, we performed GWAS to identify regions associated with growth traits, feed intake and walking ability in a breeding turkey line. This was followed by studying the functional evidence that may support the impact of those regions on the economic traits in turkeys. A total of 31,950 phenotypic records for body weight, feed intake and walking ability with genomic (56,393 SNP) data were provided by Hybrid Turkeys, Kitchener, Canada. The analysis was carried out using a mixed linear model with hatch-week-year and sex fitted as fixed effects and the accumulated effect of all markers captured by the genomic relationship matrix fitted as random polygenic effects. Significant markers were observed on several chromosomes across the turkey genome. For example, COL8A1 and RBPMS2 genes were identified on chromosome 1 and 12, respectively, and associated with body weight. Furthermore, a gene-set enrichment analysis was performed for each trait. These functional and positional analyses uncovered a number of gene ontology functional terms, Reactome pathways and Medical Subject Headings that showed significant enrichment of genes associated with the studied traits. Many of the observed gene ontology functional terms (e.g., skeletal muscle tissue growth, regulation of digestive system process, and adult walking behavior) are known to be related to body growth, feed intake and walking ability. The results of this study revealed novel candidate genomic regions and candidate genes that could be managed within a turkey breeding program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».