Heterogeneity in testing, diagnosis and outcome in SARS-CoV-2 infection across outbreak settings in the Greater Toronto Area, Canada: an observational study
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Congregate settings have been disproportionately affected by coronavirus disease 2019 (COVID-19). Our objective was to compare testing for, diagnosis of and death after severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection across 3 settings (residents of long-term care homes, people living in shelters and the rest of the population). METHODS: We conducted a population-based prospective cohort study involving individuals tested for SARS-CoV-2 in the Greater Toronto Area between Jan. 23, 2020, and May 20, 2020. We sourced person-level data from COVID-19 surveillance and reporting systems in Ontario. We calculated cumulatively diagnosed cases per capita, proportion tested, proportion tested positive and case-fatality proportion for each setting. We estimated the age- and sex-adjusted rate ratios associated with setting for test positivity and case fatality using quasi-Poisson regression. RESULTS: Over the study period, a total of 173 092 individuals were tested for and 16 490 individuals were diagnosed with SARS-CoV-2 infection. We observed a shift in the proportion of cumulative cases from all cases being related to travel to cases in residents of long-term care homes (20.4% [3368/16 490]), shelters (2.3% [372/16 490]), other congregate settings (20.9% [3446/16 490]) and community settings (35.4% [5834/16 490]), with cumulative travel-related cases at 4.1% (674/16490). Cumulatively, compared with the rest of the population, the diagnosed cases per capita was 64-fold and 19-fold higher among long-term care home and shelter residents, respectively. By May 20, 2020, 76.3% (21 617/28 316) of long-term care home residents and 2.2% (150 077/6 808 890) of the rest of the population had been tested. After adjusting for age and sex, residents of long-term care homes were 2.4 (95% confidence interval [CI] 2.2-2.7) times more likely to test positive, and those who received a diagnosis of COVID-19 were 1.4-fold (95% CI 1.1-1.8) more likely to die than the rest of the population. INTERPRETATION: Long-term care homes and shelters had disproportionate diagnosed cases per capita, and residents of long-term care homes diagnosed with COVID-19 had higher case fatality than the rest of the population. Heterogeneity across micro-epidemics among specific populations and settings may reflect underlying heterogeneity in transmission risks, necessitating setting-specific COVID-19 prevention and mitigation strategies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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