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Enregistrement W3092384632 · doi:10.1038/s41467-020-18823-9

Reconstructing lost BOLD signal in individual participants using deep machine learning

2020· article· en· W3092384632 sur OpenAlexfundno aff
Yuxiang Yan, Louisa Dahmani, Jianxun Ren, Lunhao Shen, Xiaomei Peng, Ruiqi Wang, Changgeng He, Changqing Jiang, Chen Gong, Ye Tian, Jianguo Zhang, Yi Guo, Yuanxiang Lin, Shijun Li, Meiyun Wang, Luming Li, Bo Hong, Hesheng Liu

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNIH Blueprint for Neuroscience ResearchNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Mental HealthMcDonnell Center for Systems NeuroscienceRecruitment Program of Global ExpertsNational Key Research and Development Program of ChinaCanadian Institutes of Health ResearchPeking UniversityNational Natural Science Foundation of ChinaU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthGovernment of Canada
Mots-clésComputer scienceArtificial intelligenceNeuroimagingSIGNAL (programming language)Deep learningFrame (networking)Functional connectivityPattern recognition (psychology)Blood-oxygen-level dependentFunctional neuroimagingNeuroscienceMachine learningFunctional magnetic resonance imagingComputer visionPsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Signal loss in blood oxygen level-dependent (BOLD) functional neuroimaging is common and can lead to misinterpretation of findings. Here, we reconstructed compromised fMRI signal using deep machine learning. We trained a model to learn principles governing BOLD activity in one dataset and reconstruct artificially compromised regions in an independent dataset, frame by frame. Intriguingly, BOLD time series extracted from reconstructed frames are correlated with the original time series, even though the frames do not independently carry any temporal information. Moreover, reconstructed functional connectivity maps exhibit good correspondence with the original connectivity maps, indicating that the model recovers functional relationships among brain regions. We replicated this result in two healthy datasets and in patients whose scans suffered signal loss due to intracortical electrodes. Critically, the reconstructions capture individual-specific information. Deep machine learning thus presents a unique opportunity to reconstruct compromised BOLD signal while capturing features of an individual's own functional brain organization.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,191
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,160 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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