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Enregistrement W3092502073 · doi:10.1002/ajmg.a.61907

Leukoencephalopathy with calcifications and cysts: Genetic and phenotypic spectrum

2020· article· en· W3092502073 sur OpenAlexaff
Yanick J. Crow, Heather Marshall, Gillian Rice, Luís Seabra, Emma M. Jenkinson, Kristin Barañano, Roberta Battini, Andrea Berger, Edward Blair, Thomas Blauwblomme, François V. Bolduc, N. Boddaert, Johannes Buckard, Heather E. Burnett, Sophie Calvert, Roseline Caumes, Andy Cheuk‐Him Ng, Diana Chiang, David B. Clifford, Duccio Maria Cordelli, Anna de Burca, Natasha Demic, Isabelle Desguerre, Liesbeth De Waele, Alessio Di Fonzo, Steven Dunham, Sarah Dyack, Frances Elmslie, Mickaël Ferrand, Gemma Fisher, Ehsan Ghayoor Karimiani, Jamal Ghoumid, Frances Gibbon, Himanshu Goel, Hilde Tveitan Hilmarsen, Imelda Hughes, Anu Jacob, Elizabeth A. Jones, Ram Kumar, Richard J. Leventer, Shelley MacDonald, Reza Maroofian, Sarju Mehta, Imke Metz, Edoardo Monfrini, Daniela Neumann, Michael J. Noetzel, Mary O’Driscoll, Katrin Õunap, Axel Panzer, Sumit Parikh, Prab Prabhakar, Francis Ramond, Richard Sandford, Russell P. Saneto, Calvin Soh, Chloe Stutterd, Gopinath M. Subramanian, Kevin Talbot, Rhys H. Thomas, Camilo Toro, Renaud Touraine, Emma Wakeling, Evangeline Wassmer, Andrea Whitney, John H. Livingston, Raymond T. O’Keefe, Andrew P. Badrock

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part A · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA regulation and disease
Établissements canadiensIzaak Walton Killam Health CentreDalhousie UniversityUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesEstonian Research Competency CouncilEesti TeadusagentuurAgence Nationale de la RechercheGreat Ormond Street Hospital Charity
Mots-clésBiologyGeneticsProbandPhenotypeLeukoencephalopathyCompound heterozygosityGenotypeAlleleMutationGeneDiseasePathologyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Biallelic mutations in SNORD118, encoding the small nucleolar RNA U8, cause leukoencephalopathy with calcifications and cysts (LCC). Given the difficulty in interpreting the functional consequences of variants in nonprotein encoding genes, and the high allelic polymorphism across SNORD118 in controls, we set out to provide a description of the molecular pathology and clinical spectrum observed in a cohort of patients with LCC. We identified 64 affected individuals from 56 families. Age at presentation varied from 3 weeks to 67 years, with disease onset after age 40 years in eight patients. Ten patients had died. We recorded 44 distinct, likely pathogenic, variants in SNORD118. Fifty two of 56 probands were compound heterozygotes, with parental consanguinity reported in only three families. Forty nine of 56 probands were either heterozygous (46) or homozygous (three) for a mutation involving one of seven nucleotides that facilitate a novel intramolecular interaction between the 5' end and 3' extension of precursor-U8. There was no obvious genotype-phenotype correlation to explain the marked variability in age at onset. Complementing recently published functional analyses in a zebrafish model, these data suggest that LCC most often occurs due to combinatorial severe and milder mutations, with the latter mostly affecting 3' end processing of precursor-U8.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,433
Score d'incertitude au seuil0,325

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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