Transcriptome data reveal conserved patterns of fruiting body development and response to heat stress in the mushroom-forming fungus Flammulina filiformis
Notice bibliographique
Résumé
Mushroom-forming fungi are complex multicellular organisms that form the basis of a large industry, yet, our understanding of the mechanisms of mushroom development and its responses to various stresses remains limited. The winter mushroom (Flammulina filiformis) is cultivated at a large commercial scale in East Asia and is a species with a preference for low temperatures. This study investigated fruiting body development in F. filiformis by comparing transcriptomes of 4 developmental stages, and compared the developmental genes to a 200-genome dataset to identify conserved genes involved in fruiting body development, and examined the response of heat sensitive and -resistant strains to heat stress. Our data revealed widely conserved genes involved in primordium development of F. filiformis, many of which originated before the emergence of the Agaricomycetes, indicating co-option for complex multicellularity during evolution. We also revealed several notable fruiting-specific genes, including the genes with conserved stipe-specific expression patterns and the others which related to sexual development, water absorption, basidium formation and sporulation, among others. Comparative analysis revealed that heat stress induced more genes in the heat resistant strain (M1) than in the heat sensitive one (XR). Of particular importance are the hsp70, hsp90 and fes1 genes, which may facilitate the adjustment to heat stress in the early stages of fruiting body development. These data highlighted novel genes involved in complex multicellular development in fungi and aid further studies on gene function and efforts to improve the productivity and heat tolerance in mushroom-forming fungi.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».