Genome-Wide DNA Methylation Analysis of Mammary Gland Tissues From Chinese Holstein Cows With Staphylococcus aureus Induced Mastitis
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus intramammary infection is one of the most common causes of chronic mastitis in dairy cows, whose development may be associated with epigenetic changes in the expression of important host defense genes. This study aimed to construct a genome-wide DNA methylation profile of the mammary gland of Chinese Holstein cows (n=3) following experimentally induced S. aureus mastitis, and to explore the potential gene regulatory mechanisms affected by DNA methylation during S. aureus mastitis. DNA was extracted from the S. aureus-positive (n=3) and S. aureus-negative (n=3) mammary gland quarters and subjected to methylation-dependent restriction-site associated DNA sequencing (Methyl-RAD Seq). Results showed that CmCGG/CmCWGG DNA methylation sites were unevenly distributed and concentrated on chromosomes 5, 11 and 19, and within intergenic regions and intron regions of genes. Compared with healthy control quarters, 9,181 significantly differentially methylated (DM) CmCGG sites and 1,790 DM CmCWGG sites were found in the S. aureus-positive quarters (P<0.05, |log2FC| >1). Furthermore, 363 CmCGG differently methylated genes (DMGs) and 301 CmCWGG DMGs (adjusted P<0.05, |log2FC| >1) were identified. Gene ontology and KEGG enrichment analysis indicated that CmCGG DMGs are involved in immune response pathways, while the CmCWGG DMGs were mainly enriched in gene ontology terms related to metabolism. The mRNAs of 526 differentially methylated CmCGG genes and 124 differentially methylated CmCWGG genes were also significantly differentially expressed (RNA-Seq data) in the same samples, herein denoted differentially methylated and expressed genes (DMEGs) (P<0.05). Functional enrichment analysis of DMEGs revealed roles related to cellular processes, especially the regulation of immune response to diseases. These results suggest potential regulatory roles for DNA methylation in bovine mammary gland processes during S. aureus mastitis and serves as a reference for future epigenetic regulation and mechanistic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».