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Enregistrement W3092841805 · doi:10.1158/0008-5472.can-20-0957

The Functional Landscape of Patient-Derived RNF43 Mutations Predicts Sensitivity to Wnt Inhibition

2020· article· en· W3092841805 sur OpenAlexfundno aff
Jia Yu, Permeen A. Mohamed Yusoff, Daniëlle T.J. Woutersen, Pamela Goh, Nathan Harmston, Ron Smits, David Epstein, David M. Virshup, Babita Madan

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of TorontoDuke-NUS Medical SchoolMedical Research CouncilNational Medical Research CouncilNational Research Foundation SingaporeNational Research Foundation
Mots-clésWnt signaling pathwayMissense mutationBiologyFrameshift mutationMutationCancer researchGeneticsCell biologySignal transductionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract A subset of Wnt-addicted cancers are sensitive to targeted therapies that block Wnt secretion or receptor engagement. RNF43 loss-of-function (LOF) mutations that increase cell surface Wnt receptor abundance cause sensitivity to Wnt inhibitors. However, it is not clear which of the clinically identified RNF43 mutations affect its function in vivo. We assayed 119 missense and 45 truncating RNF43 mutations found in human cancers using a combination of cell-based reporter assays, genome editing, flow cytometry, and immunofluorescence microscopy. Five common germline variants of RNF43 exhibited wild-type activity. Cancer-associated missense mutations in the RING ubiquitin ligase domain and a subset of mutations in the extracellular domain hyperactivate Wnt/β-catenin signaling through formation of inactive dimers with endogenous RNF43 or ZNRF3. RNF43 C-terminal truncation mutants, including the common G659fs mutant are LOF specifically when endogenous mutations are examined, unlike their behavior in transient transfection assays. Patient-derived xenografts and cell lines with C-terminal truncations showed increased cell surface Frizzled and Wnt/β-catenin signaling and were responsive to porcupine (PORCN) inhibition in vivo, providing clear evidence of RNF43 impairment. Our study provides potential guidelines for patient assignment, as virtually all RNF43 nonsense and frameshift mutations, including those in the C-terminal domain and a large number of patient-associated missense mutations in the RING domain and N-terminal region compromise its activity, and therefore predict response to upstream Wnt inhibitors in cancers without microsatellite instability. This study expands the landscape of actionable RNF43 mutations, extending the benefit of these therapies to additional patients. Significance: Systematic examination of patient-derived RNF43 mutations identifies rules to guide patient selection, including that truncation or point mutations in well-defined functional domains sensitize cancers to PORCN inhibitors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,215

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,317
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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