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Enregistrement W3093064189 · doi:10.1139/gen-2020-0034

Identification of enhancers that drive the spatially restricted expression of <i>Vsx1</i> and <i>Rx</i> in the outer proliferation center of the developing <i>Drosophila</i> optic lobe

2020· article· en· W3093064189 sur OpenAlexaffvenue
Ishrat Maliha Islam, June Ng, Priscilla Valentino, Ted Erclik

Notice bibliographique

RevueGenome · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDevelopmental Biology and Gene Regulation
Établissements canadiensGeneral Electric (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEnhancerBiologyNeuroblastCell biologyTranscription factorEnhancer trapGeneticsGeneTranscription (linguistics)Neurogenesis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Combinatorial spatial and temporal patterning of stem cells is a powerful mechanism for the generation of neural diversity in insect and vertebrate nervous systems. In the developing Drosophila medulla, the neural stem cells of the outer proliferation center (OPC) are spatially patterned by the mutually exclusive expression of three homeobox transcription factors: Vsx1 in the center of the OPC crescent (cOPC), Optix in the main arms (mOPC), and Rx in the posterior tips (pOPC). These spatial factors act together with a temporal cascade of transcription factors in OPC neuroblasts to specify the greater than 80 medulla cell types. Here, we identify the enhancers that are sufficient to drive the spatially restricted expression of the Vsx1 and Rx genes in the OPC. We show that removal of the cOPC enhancer in the Muddled inversion mutant leads to the loss of Vsx1 expression in the cOPC. Analysis of the evolutionarily conserved sequences within these enhancers suggests that direct repression by Optix may restrict the expression of Vsx1 and Rx to the cOPC and pOPC, respectively.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,139
Score d'incertitude au seuil0,173

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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