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Enregistrement W3093206720 · doi:10.1002/advs.202001970

A Single‐Stranded DNA‐Encoded Chemical Library Based on a Stereoisomeric Scaffold Enables Ligand Discovery by Modular Assembly of Building Blocks

2020· article· en· W3093206720 sur OpenAlexfundno aff
Gabriele Bassi, Nicholas Favalli, Miriam Vuk, Marco Catalano, Adriano Martinelli, Anika Trenner, Antônio Porro, Su Yang, Chuin Lean Tham, Mustafa Moroglu, Wyatt W. Yue, Stuart J. Conway, Peter K. Vogt, Alessandro A. Sartori, Jörg Scheuermann, Dario Neri

Notice bibliographique

RevueAdvanced Science · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChemical Synthesis and Analysis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteEuropean Research CouncilETH Zürich FoundationInnovative Medicines InitiativeMinistero dello Sviluppo EconomicoSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungAbbVieEuropean CommissionNovartis PharmaCanada Foundation for InnovationOntario Ministry of Economic Development and InnovationWellcome TrustAstraZenecaFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloDiamond Light SourceGenome CanadaThailand Science Research and InnovationEidgenössische Technische Hochschule ZürichEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsNational Science FoundationWellcomeGlaxoSmithKlineEngineering and Physical Sciences Research CouncilBoehringer IngelheimPfizer
Mots-clésScaffoldModular designLigand (biochemistry)DNADrug discoveryCombinatorial chemistryComputer scienceChemistryComputational biologyNanotechnologyMaterials scienceBiologyProgramming languageBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A versatile and Lipinski-compliant DNA-encoded library (DEL), comprising 366 600 glutamic acid derivatives coupled to oligonucleotides serving as amplifiable identification barcodes is designed, constructed, and characterized. The GB-DEL library, constructed in single-stranded DNA format, allows de novo identification of specific binders against several pharmaceutically relevant proteins. Moreover, hybridization of the single-stranded DEL with a set of known protein ligands of low to medium affinity coupled to a complementary DNA strand results in self-assembled selectable chemical structures, leading to the identification of affinity-matured compounds.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Étiquettes directes de modèles (non validées)

Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.

BrasCatégoriesDevis d'étudeConfiance
gemmaaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Empirique
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Expérimental (laboratoire)high
gptaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Empirique
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Expérimental (laboratoire)high
modèles en accordL'accord compare des ensembles de catégories et des devis identiques entre les bras.

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Étiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations49
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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