Statistical and Machine-Learning Analyses in Nutritional Genomics Studies
Notice bibliographique
Résumé
Nutritional compounds may have an influence on different OMICs levels, including genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, and metagenomics. The integration of OMICs data is challenging but may provide new knowledge to explain the mechanisms involved in the metabolism of nutrients and diseases. Traditional statistical analyses play an important role in description and data association; however, these statistical procedures are not sufficiently enough powered to interpret the large integrated multiple OMICs (multi-OMICS) datasets. Machine learning (ML) approaches can play a major role in the interpretation of multi-OMICS in nutrition research. Specifically, ML can be used for data mining, sample clustering, and classification to produce predictive models and algorithms for integration of multi-OMICs in response to dietary intake. The objective of this review was to investigate the strategies used for the analysis of multi-OMICs data in nutrition studies. Sixteen recent studies aimed to understand the association between dietary intake and multi-OMICs data are summarized. Multivariate analysis in multi-OMICs nutrition studies is used more commonly for analyses. Overall, as nutrition research incorporated multi-OMICs data, the use of novel approaches of analysis such as ML needs to complement the traditional statistical analyses to fully explain the impact of nutrition on health and disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».