Gargle-Direct: Extraction-Free Detection of SARS-CoV-2 using Real-time PCR (RT-qPCR) of Saline Gargle Rinse Samples
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Saline mouth rinse/gargle samples have recently been shown to be a suitable option for swab-independent self-collection for SARS-CoV-2 diagnosis. We sought to evaluate a simplified process for direct reverse transcriptase PCR (RT-qPCR) testing of this novel sample type and to compare performance with routine RT-qPCR using automated nucleic acid extraction. Methods Clinical saline mouth rinse/gargle samples were subjected to automated nucleic acid extraction (“standard method”), followed by RT-qPCR using three assays including the FDA authorized US-CDC’s N1/N2 assay, which was the reference standard for determining sensitivity/specificity. For extraction-free workflow, an aliquot of each gargle sample underwent viral heat inactivation at 65 °C for 20 minutes followed by RT-qPCR testing, without an intermediate extraction step. An in-house validated RT-qPCR lab developed test (LDT), targeting the SARS-CoV-2’s S/ORF8 genes (SORP triplex assay) and the N1/N2 US-CDC assay was used to evaluate the extraction-free protocol. To improve the analytical sensitivity, we developed a single-tube hemi-nested (STHN) version of the SORP triplex assay. Results A total of 38 SARS-CoV-2 positive and 75 negative saline mouth rinse/gargle samples were included in this evaluation. A 100% concordance in detection rate was obtained between the standard method and the extraction-free approach for the SORP assay. An average increase of +2.63 to +5.74 of the cycle threshold (C T ) values was observed for both the SORP and N1/N2 assay when extraction-free was compared between the standard method. The average ΔC T [ΔC T =C T(Direct PCR) -C T(Extracted RNA) ], for each of the gene targets were: S (ΔC T = +4.24), ORF8 (ΔC T =+2.63), N1 (ΔC T =+2.74) and N2 (ΔC T =+5.74). The ΔC T for the STHN SORP assay was +1.51 and −2.05 for the S and ORF8 targets respectively, when extracted method was compared to the standard method. Conclusion Our Gargle-Direct SARS-CoV-2 method is operationally simple, minimizes pre-analytical sample processing and is potentially implementable by most molecular diagnostic laboratories. The empirical demonstration of single-tube hemi-nested RT-qPCR, to specifically address and alleviate the widely-acknowledged problem of reduced analytical sensitivity of detection of extraction-free templates, should help diagnostic laboratories in choosing Gargle-Direct protocol for high-throughput testing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».