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Enregistrement W3093426868 · doi:10.1073/pnas.2002360117

The eukaryotic translation initiation factor eIF4E elevates steady-state m <sup>7</sup> G capping of coding and noncoding transcripts

2020· article· en· W3093426868 sur OpenAlexafffund
Biljana Culjkovic‐Kraljacic, Lucy Skrabanek, María V. Revuelta, Jadwiga Gasiorek, Victoria H. Cowling, Leandro Cerchietti, Katherine L. B. Borden

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related molecular mechanisms research
Établissements canadiensUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and Cancer
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilLeukemia and Lymphoma SocietyCanadian Institutes of Health ResearchInstitute of Cancer ResearchNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthGovernment of Canada
Mots-clésEIF4ELong non-coding RNARNABiologyEukaryotic translationTranslation (biology)Eukaryotic initiation factorRNA-binding proteinProtein biosynthesisNon-coding RNACell biologyMessenger RNAComputational biologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

G caps. These methodological advances led to unanticipated revelations: 1) Many RNA populations are inefficiently capped at steady state (∼30 to 50%), and eIF4E overexpression increased this to ∼60 to 100%, depending on the RNA; 2) eIF4E physically associates with noncoding RNAs in the nucleus; and 3) approximately half of eIF4E-capping targets identified are noncoding RNAs. eIF4E's association with noncoding RNAs strongly positions it to act beyond translation. Coding and noncoding capping targets have activities that influence survival, cell morphology, and cell-to-cell interaction. Given that RNA export and translation machineries typically utilize capped RNA substrates, capping regulation provides means to titrate the protein-coding capacity of the transcriptome and, for noncoding RNAs, to regulate their activities. We also discovered a cap sensitivity element (CapSE) which conferred eIF4E-dependent capping sensitivity. Finally, we observed elevated capping for specific RNAs in high-eIF4E leukemia specimens, supporting a role for cap dysregulation in malignancy. In all, levels of capping RNAs can be regulated by eIF4E.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,250

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,304
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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