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Enregistrement W3093447900 · doi:10.1101/2020.10.19.344903

Hierarchical imaging and computational analysis of three-dimensional vascular network architecture in the entire postnatal and adult mouse brain

2020· preprint· en· W3093447900 sur OpenAlexaff
Thomas Wälchli, Jeroen Bisschop, Arttu Miettinen, Alexandra Ulmann‐Schuler, Christoph Hintermüller, Éric P. Meyer, Thomas Krucker, Regula Wälchli, Philippe P. Monnier, Peter Carmeliet, Johannes Vogel, Marco Stampanoni

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueBarrier Structure and Function Studies
Établissements canadiensToronto Western HospitalKrembil FoundationUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesSwiss Cancer Research FoundationVlaamse regeringUniversität ZürichNovartis Stiftung für Medizinisch-Biologische ForschungHope FoundationNovartis FoundationSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésVascular networkBiomedical engineeringComputer scienceMedicineAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT The formation of new blood vessels and the establishment of vascular networks are crucial during brain development, in the adult healthy brain, as well as in various diseases of the central nervous system (CNS). Here, we describe a method that enables hierarchical imaging and computational analysis of vascular networks in postnatal- and adult mouse brains. Resin-based vascular corrosion casting, scanning electron microscopy, synchrotron radiation and desktop µCT imaging, and computational network analysis are used. Combining these methods enables detailed visualization and quantification of the three-dimensional (3D) brain vasculature. Network features such as vascular volume fraction, branch point density, vessel diameter, - length, -tortuosity, and -directionality as well as extravascular distance can be obtained at any developmental stage from the early postnatal to the adult brain. Our method allows characterizing brain vascular networks separately for capillaries and non-capillaries. The entire protocol, from mouse perfusion to vessel network analysis, takes approximately 10 days. Online summary This protocol uses vascular corrosion casting, hierarchical synchrotron radiation µCT imaging, and computational image analysis to assess the three-dimensional vascular network architecture.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,510
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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