Data Mining Nitrogen-Responsive Gene Expression for Source–Sink Relations and Indicators of N Status in Potato
Notice bibliographique
Résumé
Potato tuber yields depend on nitrogen (N) supply, which affects source–sink relations. Transcriptome sequencing of the foliar source using a single field trial identified gene expression responsive to 180 kg N ha−1. The expression of N-responsive genes was further analyzed in the next stage using a NanoString nCounter over an expanded number of foliar samples from seven field trials with varying N rates, sites, and cultivars. Least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) regression models of gene expression predictive of yield, total plant N uptake, and tuber-specific gravity (proxy for dry matter) were built. Genes in the LASSO model for yield were associated with source–sink partitioning. A key gene regulating tuberization and senescence, StSP6A Flowering locus T, was found in the LASSO model predicting tuber yield, but not the other models. An aminotransferase involved in photorespiratory N assimilation and amino acid biosynthesis was found in all LASSO models. Other genes functioning in amino acid biosynthesis and integration of sulfur (S) and N metabolism were also found in the yield prediction model. The study provides insights on N responses in foliage of potato plants that affect source–sink partitioning. Additionally, N-responsive genes predictive of yield are candidate indicators of N status.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».