nMAT3 is an essential maturase splicing factor required for holo-complex I biogenesis and embryo-development in <i>Arabidopsis thaliana</i> plants
Notice bibliographique
Résumé
Summary Group II introns are large catalytic RNAs that are particularly prevalent in the organelles of terrestrial plants. In angiosperm mitochondria, group II introns reside in the coding-regions of many critical genes, and their excision is essential for respiratory-mediated functions. Canonical group II introns are self-splicing and mobile genetic elements, consisting of the catalytic intron-RNA and its cognate intron-encoded endonuclease factor ( i.e. maturase, Pfam-PF01348). Plant organellar introns are extremely degenerate, and lack many regions that are critical for splicing, including their related maturase-ORFs. The high degeneracy of plant mitochondrial introns was accompanied during evolution by the acquisition of ‘ host-acting ’ protein cofactors. These include several nuclear encoded maturases (nMATs) and various other splicing-cofactors that belong to a diverse set of RNA-binding families, e.g. RNA helicases (Pfam-PF00910), Mitochondrial Transcription Termination Factors (mTERF, Pfam-PF02536), Plant Organelle RNA Recognition (PORR, Pfam-PF11955), and Pentatricopeptide repeat (PPR, Pfam-PF13812) proteins. Previously, we established the roles of MatR and three nuclear-maturases, nMAT1, nMAT2, and nMAT4, in the splicing of different subsets of mitochondrial introns in Arabidopsis. The function of nMAT3 (AT5G04050) was found to be essential during early embryogenesis. Using a modified embryo-rescue method, we show that nMAT3 -knockout plants are strongly affected in the splicing of nad1 introns i1, i3 and i4 in Arabidopsis mitochondria. The embryo-defect phenotype is tightly associated with complex I biogenesis defects. Functional complementation of nMAT3 restored the splicing defects and altered embryogenesis phenotypes associated with the nmat3 mutant-line.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».