Temporal Detection Limits of Remnant Larval Bloodmeals in Nymphal <i>Ixodes scapularis</i> (Say, Ixodida: Ixodidae) Using Two Next-Generation Sequencing DNA Barcoding Assays
Notice bibliographique
Résumé
Using next-generation sequencing DNA barcoding, we aimed to determine: 1) if the larval bloodmeal can be detected in Ixodes scapularis nymphs and 2) the post-moult temporal window for detection of the larval bloodmeal. Subsets of 30 nymphs fed on a domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus Linnaeus, Lagomorphia: Leporidae) as larvae were reared and frozen at 11 time points post-moult, up to 150 d. Vertebrate DNA was amplified using novel universal (UP) and species-specific primers (SSP) and sequenced for comparison against cytochrome c oxidase subunit I barcodes to infer host identification. Detectable bloodmeals decreased as time since moult increased for both assays. For the SSP assay, detection of bloodmeals decreased from 96.7% (n = 29/30) in day 0 nymphs to 3.3% (n = 1/30) and 6.7% (n = 2/30) at 4- and 5-mo post-moult, respectively. A shorter temporal detection period was achieved with the UP assay, declining from 16.7% (n = 5/30) in day 0 nymphs to 0/30 in 3-d-old nymphs. Bloodmeal detection was nonexistent for the remaining cohorts, with the exception of 1/30 nymphs at 2-mo post-moult. Host detection was significantly more likely using the SSP assay compared to the UP assay in the first three time cohorts (day 0: χ 2 = 39.1, P < 0.005; day 2: χ 2 = 19.2, P < 0.005; day 3: χ 2 = 23.3, P < 0.005). Regardless of the primer set used, the next-generation sequencing DNA barcoding assay was able to detect host DNA from a larval bloodmeal in the nymphal life stage; however, a short window with a high proportion of detection post-moult was achieved.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».