MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3094639379 · doi:10.1101/2020.10.26.20217109

Pathogenic variants in <i>SMARCA5</i> , a chromatin remodeler, cause a range of syndromic neurodevelopmental features

2020· preprint· en· W3094639379 sur OpenAlexaff
Dong Li, Qin Wang, Naihua N. Gong, Alina Kurolap, Hagit Baris Feldman, Nikolas Boy, Melanie Brügger, Katheryn Grand, Kirsty McWalter, María J. Guillen Sacoto, Emma Wakeling, Jane A. Hurst, Michael March, Elizabeth Bhoj, Małgorzata J.M. Nowaczyk, Claudia Gonzaga‐Jauregui, Mariam Mathew, Ashita Dava-Wala, Amy Siemon, Dennis Bartholomew, Yue Huang, Hane Lee, Julián A. Martínez-Agosto, Eva Maria Christina Schwaibold, Theresa Brunet, Daniela Choukair, Lynn Pais, Susan M. White, John Christodoulou, Dana Brown, Kristin Lindstrom, Theresa A. Grebe, Dov Tiosano, Matthew S. Kayser, Tiong Yang Tan, Matthew A. Deardorff, Yuanquan Song, Håkon Håkonarson

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Eye InstituteNational Institutes of HealthBroad InstituteState Government of VictoriaMurdoch Children's Research InstituteChildren’s Hospital of Wisconsin Research InstituteNational Human Genome Research InstituteBurroughs Wellcome Fund
Mots-clésMicrocephalyNeurodevelopmental disorderPhenotypeIntellectual disabilityMushroom bodiesLoss functionGeneticsBiologyGeneDrosophila melanogaster

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Intellectual disability (ID) encompasses a wide spectrum of neurodevelopmental disorders, with many linked genetic loci. However, the underlying molecular mechanism for over 50% of the patients remains elusive. We describe mutations in SMARCA5 , encoding the ATPase motor of the ISWI chromatin remodeler, as a cause of a novel neurodevelopmental disorder, identifying twelve individuals with de novo or dominantly segregating rare heterozygous variants. Accompanying phenotypes include mild developmental delay, frequent postnatal short stature, and microcephaly, and recurrent dysmorphic features. Loss of function of the SMARCA5 Drosophila ortholog Iswi led to smaller body size, reduced dendrite complexity, and tiling defects in larvae. In adult flies, Iswi neural knockdown caused decreased brain size, aberrant mushroom body morphology and abnormal locomotor function. Iswi loss of function was rescued by wild-type but not mutant SMARCA5. Our results demonstrate that SMARCA5 pathogenic variants cause a neurodevelopmental syndrome with mild facial dysmorphia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,665
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuemedRxivMême sujetChromatin Remodeling and CancerTravaux en français237 207