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Enregistrement W3094772815 · doi:10.1186/s12864-020-07154-0

Differential responses in placenta and fetal thymus at 12 days post infection elucidate mechanisms of viral level and fetal compromise following PRRSV2 infection

2020· article· en· W3094772815 sur OpenAlexafffund
Angelica Van Goor, J. Alex Pasternak, Kristen Walker, Linjun Hong, Carolina Maciel Malgarin, Daniel J. MacPhee, John C. S. Harding, Joan K. Lunney

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueAnimal Virus Infections Studies
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesAgricultural Research ServiceGenome AlbertaGenome CanadaGenome PrairieU.S. Department of Agriculture
Mots-clésFetusBiologyPlacentaImmune systemImmunologyAndrologyPregnancyMedicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: A pregnant gilt infected with porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) can transmit the virus to her fetuses across the maternal-fetal-interface resulting in varying disease outcomes. However, the mechanisms leading to variation in fetal outcome in response to PRRSV infection are not fully understood. Our objective was to assess targeted immune-related gene expression patterns and pathways in the placenta and fetal thymus to elucidate the molecular mechanisms involved in the resistance/tolerance and susceptibility of fetuses to PRRSV2 infection. Fetuses were grouped by preservation status and PRRS viral load (VL): mock infected control (CTRL), no virus detected (UNINF), virus detected in the placenta only with viable (PLCO-VIA) or meconium-stained fetus (PLCO-MEC), low VL with viable (LVL-VIA) or meconium-stained fetus (LVL-MEC), and high VL with viable (HVL-VIA) or meconium-stained fetus (HVL-MEC). RESULTS: The host immune response was initiated only in fetuses with detectable levels of PRRSV. No differentially expressed genes (DEG) in either the placenta or thymus were identified in UNINF, PLCO-VIA, and PLCO-MEC when compared to CTRL fetuses. Upon fetal infection, a set of core responsive IFN-inducible genes (CXCL10, IFIH1, IFIT1, IFIT3, ISG15, and MX1) were strongly upregulated in both tissues. Gene expression in the thymus is a better differentiator of fetal VL; the strong downregulation of several innate and adaptive immune pathways (e.g., B Cell Development) are indicative of HVL. Gene expression in the placenta may be a better differentiator of fetal demise than the thymus, based-on principle component analysis clustering, gene expression patterns, and dysregulation of the Apoptosis and Ubiquitination pathways. CONCLUSION: Our data supports the concept that fetal outcome in response to PRRSV2 infection is determined by fetal, and more significantly placental response, which is initiated only after fetal infection. This conceptual model represents a significant step forward in understanding the mechanisms underpinning fetal susceptibility to the virus.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,750
Score d'incertitude au seuil0,721

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,184 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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