Complementarity and discriminatory power of genotype and otolith shape in describing the fine-scale population structure of an exploited fish, the common sole of the Eastern English Channel
Notice bibliographique
Résumé
Marine organisms show population structure at a relatively fine spatial scale, even in open habitats. The tools commonly used to assess subtle patterns of connectivity have diverse levels of resolution and can complement each other to inform on population structure. We assessed and compared the discriminatory power of genetic markers and otolith shape to reveal the population structure on evolutionary and ecological time scales of the common sole (Solea solea), living in the Eastern English Channel (EEC) stock off France and the UK. First, we genotyped fish with Single Nucleotide Polymorphisms to assess population structure at an evolutionary scale. Then, we tested for spatial segregation of the subunits using otolith shape as an integrative tracer of life history. Finally, a supervised machine learning framework was applied to genotypes and otolith phenotypes to probabilistically assign adults to subunits and assess the discriminatory power of each approach. Low but significant genetic differentiation was found among subunits. Moreover, otolith shape appeared to vary spatially, suggesting spatial population structure at fine spatial scale. However, results of the supervised discriminant analyses failed to discriminate among subunits, especially for otolith shape. We suggest that the degree of population segregation may not be strong enough to allow for robust fish assignments. Finally, this study revealed a weak yet existing metapopulation structure of common sole at the fine spatial scale of the EEC based on genotypes and otolith shape, with one subunit being more isolated. Our study argues for the use of complementary tracers to investigate marine population structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».