Comparing the diversity and relative abundance of free and particle-associated aquatic viruses
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Metagenomics has enabled rapid increases in virus discovery, in turn permitting revisions of viral taxonomy and our understanding of the ecology of viruses and their hosts. Inspired by recent discoveries of large viruses prevalent in the environment, we re-assessed the longstanding approach of filtering water through small pore-size filters to separate viruses from cells before sequencing. We studied assembled contigs derived from < 0.45 μm and > 0.45 μm size fractions that were annotated as viral to determine the diversity and relative abundances of virus groups from each fraction. Virus communities were vastly different when comparing the size fractions, indicating that analysis of either fraction alone would provide only a partial perspective of environmental viruses. At the level of virus order/family we observed highly diverse and distinct virus communities in the > 0.45 μm size fractions, whereas the < 0.45 μm size fractions were comprised primarily of highly diverse Caudovirales. The relative abundances of Caudovirales for which hosts could be inferred varied widely between size fractions with higher relative abundances of cyanophages in the > 0.45 μm size fractions potentially indicating replication within cells during ongoing infections. Many of the Mimiviridae and Phycodnaviridae , and all Iridoviridae and Poxviridae were detected exclusively in the often disregarded > 0.45 μm size fractions. In addition to observing unique virus communities associated with each size fraction, we detected viruses common to both fractions and argue that these are candidates for further exploration because they may be the product of ongoing or recent lytic events. IMPORTANCE Most studies of aquatic virus communities analyze DNA sequences derived from the smaller, “free virus” size fraction. Our study demonstrates that analysis of virus communities using only the smaller size fraction can lead to erroneously low diversity estimates for many of the larger viruses such as Mimiviridae, Phycodnaviridae, Iridoviridae , and Poxviridae , whereas analyzing only the larger, > 0.45 μm size fraction can lead to underestimates of Caudovirales diversity and relative abundance. Similarly, our data shows that examining only the smaller size fraction can lead to underestimation of virophage and cyanophage relative abundances that could, in turn, cause researchers to assume their limited ecological importance. Given the considerable differences we observed in this study, we recommend cautious interpretations of environmental virus community assemblages and dynamics when based on metagenomic data derived from different size fractions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».