Comparative ACE2 variation and primate COVID-19 risk
Notice bibliographique
Résumé
The emergence of the novel coronavirus SARS-CoV-2, which in humans is highly infectious and leads to the potentially fatal disease COVID-19, has caused hundreds of thousands of deaths and huge global disruption. The viral infection may also represent an existential threat to our closest living relatives, the nonhuman primates, many of which are endangered and often reduced to small populations. The virus engages the host cell receptor, angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2), through the receptor binding domain (RBD) on the spike protein. The contact surface of ACE2 displays amino acid residues that are critical for virus recognition, and variations at these critical residues are likely to modulate infection susceptibility across species. While infection studies are emerging and have shown that some primates, such as rhesus macaques and vervet monkeys, develop COVID-19-like symptoms when exposed to the virus, the susceptibility of many other nonhuman primates is unknown. Here, we show that all apes, including chimpanzees, bonobos, gorillas, and orangutans, and all African and Asian monkeys (catarrhines), exhibit the same set of twelve key amino acid residues as human ACE2. Monkeys in the Americas, and some tarsiers, lemurs and lorisoids, differ at significant contact residues, and protein modeling predicts that these differences should greatly reduce the binding affinity of the ACE2 for the virus, hence moderating their susceptibility for infection. Other lemurs are predicted to be closer to catarrhines in their susceptibility. Our study suggests that apes and African and Asian monkeys, as well as some lemurs are all likely to be highly susceptible to SARS-CoV-2, representing a critical threat to their survival. Urgent actions have been undertaken to limit the exposure of Great Apes to humans, and similar efforts may be necessary for many other primate species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».