A single-tube triplex real-time quantitative PCR assay for differential detection of highly virulent Chinese strains of pseudorabies virus
Notice bibliographique
Résumé
Pseudorabies virus (PRV) causes Aujeszky’s disease or pseudorabies (PR), which is characterized by fatal encephalitis in newborn piglets, respiratory infection in growing and fattening pigs, and reproductive failures in pregnant sows. It establishes a lifelong latent infection in the peripheral nervous system followed by subsequent intermittent shedding of infectious virus. Since 2011, highly virulent PRV strains that are genetically different from the classic PRV strains surfaced in pig herds in China. Availability of a highly sensitive and specific polymerase chain reaction (PCR)-based diagnostic assay for rapid differential detection of PRV variants is critical to prevent huge economic losses to the U.S. and Canadian pork industries if these strains enter North America and cause an outbreak. Here we describe the development and evaluation of a single-tube triplex real-time-PCR assay for differential detection of variant strains of PRV. The assay targets the intergenic region between the US2 and US6 genes in the PRV genome, is highly sensitive and specific, and it did not detect other non-target viruses, including related herpesviruses. The clinical specificity and sensitivity of the assay was evaluated using whole blood, serum, tissue and swab samples collected from known negative and experimentally inoculated pigs with either classical (Bristol) or variant (JS-2012 and HeN1) PRV strains. The targeted genomic region of this assay is also deleted in commonly used PRV gE-deleted marker vaccines, and therefore, the triplex assay did not detect viral DNA extracted from two commercial vaccine strains Bartha K-61 and Bucharest. This single-tube triplex assay can be used for routine diagnostics and epidemiological studies for detection and differentiation of classical strains from variant strains of PRV, and as a differentiation of infected and vaccinated animals (DIVA) assay when PRV gE- deletion mutant marker vaccines are used.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».