Association of<i>MICA</i>and HLA‐B alleles with leprosy in two endemic populations in Brazil
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Leprosy is a prevalent disease in Brazil, which ranks as the country with the second highest number of cases in the world. The disease manifests in a spectrum of forms, and genetic differences in the host can help to elucidate the immunopathogenesis. For a better understanding ofMICAassociation with leprosy, we performed a case–control and a family‐based study in two endemic populations in Brazil.MICAandHLA‐Balleles were evaluated in 409 leprosy patients and in 419 healthy contacts by PCR‐SSOP‐Luminex‐based technology. In the familial study, analysis of 46 families was completed by direct sequencing of all exons and 3′/5′untranslated regions, using the Ilumina MiSeq platform. All data were collected between 2006 and 2009. Statistical analysis was performed using the Chi‐square or Fisher's exact test together with a multivariate analysis. Family‐based association was assessed by transmission disequilibrium test (TDT) software FBAT 2.0.4. We found associations between the haplotypeMICA*002‐HLA‐B*35with leprosy in both the per se and the multibacillary (MB) forms when compared to healthy contacts. TheMICAallele*008was associated with the clinical forms of paucibacillary (PB). Additionally,MICA*029was associated with the clinical forms of MB. The association ofMICA*029allele (MICA‐A4 variant) with the susceptibility to the MB form suggests this variant for the transmembrane domain of the MICA molecule may be a risk factor for leprosy. TwoMICAand nineHLA‐Bvariants were found associated with leprosy per se in the Colônia do Prata population. Linkage disequilibrium analysis revealed perfect linkage disequilibrium (LD) betweenHLA‐Bmarkers rs2596498 and rs2507992, and high LD (R2 = .92) between these and the marker rs2442718. This familial study demonstrates thatMICAassociation signals are not independent from those observed forHLA‐B. Our findings contribute the knowledge pool of the immunogenetics of Hansen's disease and reveals a new association of theMICA*029allele.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».