Mitochondrial copper and phosphate transporter specificity was defined early in the evolution of eukaryotes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mitochondrial carrier family (MCF/SLC25) proteins are selective transporters that maintain the mitochondrial metabolome. Here we combine computational, biochemical and phenotypic approaches to understand substrate selectivity of SLC25A3. In mammals, SLC25A3 transports both copper and phosphate, yet in Saccharomyces cerevisiae the transport of these substrates is partitioned across two paralogs: PIC2, which transports copper, and MIR1, which transports phosphate. To understand whether the ancestral state of this transporter was a single promiscuous transporter that duplicated and gained selectivity, we explored the evolutionary relationships of PIC2 and MIR1 orthologs across the eukaryotic tree of life. Phylogenetic analyses reveal that PIC2-like and MIR1-like orthologs are present in all major eukaryotic supergroups, indicating that the gene duplication that created these paralogs occurred early in eukaryotic evolution. Frequent lineage-specific gene duplications and losses suggest that substrate specificity may be evolutionarily labile. To link this phylogenetic signal to protein function and resolve the residues involved in substrate selection, we used structural modelling and site-directed mutagenesis to identify PIC2 residues involved in copper and phosphate transport activities. Based on these analyses, we generated a Leu175Ala variant of mouse SLC25A3 that retains the ability to transport copper, but not phosphate, and rescues the cytochrome c oxidase defect in SLC25A3 knockout cells. Taken together, this work uses an evolutionary framework to uncover amino acids involved in substrate recognition by MCF proteins responsible for copper and phosphate transport.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».