MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3096745665 · doi:10.1101/2020.11.06.20225607

Increased CHIP Prevalence Amongst People Living with HIV

2020· preprint· en· W3096745665 sur OpenAlexaff
Alexander G. Bick, Konstantin Popadin, Christian W. Thorball, Md Mesbah Uddin, Markella V. Zanni, Bing Yu, Matthias Cavassini, Andri Rauch, Philip Tarr, Patrick Schmid, Enos Bernasconi, Huldrych F. Günthard, Peter Libby, Eric Boerwinkle, Paul J. McLaren, Christie M. Ballantyne, Steven Grinspoon, Pradeep Natarajan, Jacques Fellay

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAcute Myeloid Leukemia Research
Établissements canadiensUniversity of ManitobaPublic Health Agency of Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineCoronary artery diseaseDiseaseHuman immunodeficiency virus (HIV)Internal medicinePopulationOncologyImmunologyEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

People living with human immunodeficiency virus (PLWH) have significantly increased risk for cardiovascular disease in part due to inflammation and immune dysregulation. Clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP), the age-related acquisition and expansion of hematopoietic stem cells due to leukemogenic driver mutations, increases risk for both hematologic malignancy and coronary artery disease (CAD). Since increased inflammation is hypothesized to be both a cause and consequence of CHIP, we hypothesized that PLWH have a greater prevalence of CHIP. We searched for CHIP in multi-ethnic cases from the Swiss HIV Cohort Study (SHCS, n=600) and controls from the Atherosclerosis Risk in the Communities study (ARIC, n=8,111) from blood DNA-derived exome sequences. We observed that HIV is associated with increased CHIP prevalence, both in the whole study population and in a subset of 230 cases and 1002 matched controls selected by propensity matching to control for demographic imbalances (SHCS 7%, ARIC 3%, p=0.005). Additionally, unlike in ARIC, ASXL1 was the most commonly implicated mutated CHIP gene. We propose that CHIP may be one mechanism through which PLWH are at increased risk for CAD. Larger prospective studies should evaluate the hypothesis that CHIP contributes to the excess cardiovascular risk in PLWH.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0000,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuemedRxivMême sujetAcute Myeloid Leukemia ResearchTravaux en français237 207