Pseudoxanthomonas winnipegensis sp. nov., derived from human clinical materials and recovered from cystic fibrosis and other patient types in Canada, and emendation of Pseudoxanthomonas spadix Young et al. 2007
Notice bibliographique
Résumé
Twelve isolates recovered from 10 cystic fibrosis/other patient types and a variety of clinical sources, were referred to Canada's National Microbiology Laboratory over 7 years. These were assignable to the genus Pseudoxanthomonas but were unidentifiable to species level. Patients included five males and five females from two geographically separated provinces, ranging in age from 2 months to 84 years. In contrast, most Pseudoxanthomonas species described to date have been derived from water, plants or contaminated soils. By 16S rRNA gene sequencing, the patient strains had ≥99.4 % similarity to each other but only 97.73–98.29 % to their closest relatives, Pseudoxanthomonas spadix or Pseudoxanthomonas helianthi . Bacteria were studied by whole genome sequencing using average nucleotide identity by Blastn, digital DNA–DNA hybridization, average amino acid identity, core genome and single nucleotide variant analyses, MALDI-TOF, biochemical and cellular fatty acid analyses, and by antimicrobial susceptibility testing. Bacterial structures were assessed using scanning and transmission electron microscopy. Strains were strict aerobes, yellowish-pigmented, oxidative, non-motile, Gram-stain-negative bacilli and generally unable to reduce nitrate. Strains were susceptible to most of the antibiotics tested; some resistance was observed towards carbapenems, several cephems and uniformly to nitrofurantoin. The single taxon group observed by 16S rRNA gene sequencing was supported by whole genome sequencing; genomes ranged in size from 4.36 to 4.73 Mb and had an average G+C content of 69.12 mol%. Based on this study we propose the name Pseudoxanthomonas winnipegensis sp. nov. for this cluster. Pseudoxanthomonas spadix DSM 18855T, acquired for this study, was found to be non-motile phenotypically and by electron microscopy; we therefore propose the emendation of Pseudoxanthomonas spadix Young et al. 2007 to document that observation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».