Sputum microbiota in adults with CF associates with response to inhaled tobramycin
Notice bibliographique
Résumé
Background Inhaled tobramycin powder/solution (TIP/S) use has resulted in improved clinical outcomes in patients with cystic fibrosis (CF) with chronic Pseudomonas aeruginosa. However, TIP/S effect on the CF sputum microbiome has not been explored. We hypothesised that TIP/S has additional ‘off-target’ effects beyond merely P. aeruginosa and that baseline microbiome prior to initiation of therapy is associated with subsequent patient response. Methods We drew sputum samples from a prospectively collected biobank. Patients were included if they had one sputum sample in the 18 months before and after TIP/S. Bacterial 16S rRNA gene profiling was used to characterise the sputum microbiome. Results Forty-one patients met our inclusion criteria and 151 sputum samples were assessed. At baseline, median age was 30.4 years (IQR 24.2–35.2) and forced expiratory volume in 1 (FEV1) second was 57% predicted (IQR 44–74). Nineteen patients were defined a priori as responders having no net decrease in FEV1 in the year following TIP/S. No significant changes were observed in key microbiome metrics of alpha (within-sample) or beta (between-sample) diversity for samples collected before and after TIP/S. However, significant beta-diversity (Bray-Curtis) differences were noted at baseline between patients based on response status. Notably, responders were observed to have a higher abundance of Staphylococcus in pretherapy baseline samples. Conclusions Our longitudinal study demonstrates that the sputum microbiome of patients with CF is relatively stable following inhaled tobramycin over many months. Intriguingly, our findings suggest that baseline microbiome may associate with patient response to TIP/S—suggesting the sputum microbiome could be used to personalise therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».