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Enregistrement W3096966615 · doi:10.1016/j.xhgg.2020.100013

Multi-ancestry genome-wide association study accounting for gene-psychosocial factor interactions identifies novel loci for blood pressure traits

2020· article· en· W3096966615 sur OpenAlexaff
Daokun Sun, Melissa A. Richard, Solomon K. Musani, Thomas W. Winkler, Karen Schwander, Jin Fang Chai, Xiuqing Guo, Tuomas O. Kilpeläinen, Dina Vojinović, Hugues Aschard, Traci M. Bartz, Lawrence F. Bielak, Michael R. Brown, Kumaraswamy Naidu Chitrala, Fernando Pires Hartwig, Andréa R. V. R. Horimoto, Alisa K. Manning, Raymond Noordam, Albert V. Smith, Sarah E. Harris, Brigitte Kühnel, Leo‐Pekka Lyytikäinen, Ilja M. Nolte, Rainer Rauramaa, Peter J. van der Most, Erin B. Ware, Stefan Weiß, Wanqing Wen, Lisa R. Yanek, Dan E. Arking, Donna K. Arnett, Ana Barac, Eric Boerwinkle, Ulrich Broeckel, Aravinda Chakravarti, Yii‐Der Ida Chen, L. Adrienne Cupples, Martha L. Davigulus, Lisa de las Fuentes, Renée de Mutsert, Paul S. de Vries, Joseph A. Delaney, Ana V. Diez Roux, Marcus Dörr, Jessica D. Faul, Amanda M. Fretts, Linda C. Gallo, Hans J. Grabe, C. Charles Gu, Tamara B. Harris, Catharina C.A. Hartman, Sami Heikkinen, M. Arfan Ikram, Carmen R. Isasi, W. Craig Johnson, Jost B. Jonas, Robert C. Kaplan, Pirjo Komulainen, José Eduardo Krieger, Daniel Levy, Jianjun Liu, Kurt Lohman, Annemarie I. Luik, Lisa W. Martin, Thomas Meitinger, Yuri Milaneschi, Jeff O’Connell, Walter R. Palmas, Annette Peters, Patricia A. Peyser, Laura Pulkki-Råbäck, Leslie J. Raffel, Alex P. Reiner, Kenneth Rice, Jennifer G. Robinson, Frits R. Rosendaal, Carsten Oliver Schmidt, Pamela J. Schreiner, Lars Schwettmann, James M. Shikany, Xiao‐Ou Shu, Stephen Sidney, Mario Sims, Jennifer A. Smith, Nona Sotoodehnia, Konstantin Strauch, E Shyong Tai, Kent D. Taylor, André G. Uitterlinden, Cornelia M. van Duijn, Mélanie Waldenberger, Hwee Lin Wee, Wenbin Wei, Gregory Wilson, Xuan Deng, Jie Yao, Donglin Zeng, Wei Zhao, Xiaofeng Zhu, Alan B. Zonderman, Diane M. Becker, Ian J. Deary, Christian Gieger, Timo A. Lakka, Terho Lehtimäki, Kari E. North, Albertine J. Oldehinkel, Brenda W.J.H. Penninx, Harold Snieder, Ya Xing Wang, David R. Weir, Wei Zheng, Michele K. Evans, W. James Gauderman, Vilmundur Guðnason, Bernardo Lessa Horta, Ching‐Ti Liu, Dennis O. Mook‐Kanamori, Alanna C. Morrison, Alexandre C. Pereira, Bruce M. Psaty, Najaf Amin, Ervin R. Fox, Charles Kooperberg, Xueling Sim, Laura Bierut, Jerome I. Rotter, Sharon L.R. Kardia, Nora Franceschini, D. C. Rao, Myriam Fornage

Notice bibliographique

RevueHuman Genetics and Genomics Advances · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteErasmus Universitair Medisch Centrum RotterdamUniversity of California, IrvineSchool of Medicine, University of Alabama at BirminghamNational Institutes of HealthAmsterdam NeuroscienceKuopion Yliopistollinen SairaalaHáskóli ÍslandsTampereen YliopistoLeids Universitair Medisch CentrumUniversiteit LeidenVrije Universiteit AmsterdamUniversity of OxfordKaiser Permanente Washington Health Research InstituteCapital Medical UniversityWashington University in St. LouisDeutsches Zentrum für Herz-KreislaufforschungUniversity of WashingtonHelsingin YliopistoNational University of SingaporeItä-Suomen YliopistoKaiser PermanenteUniversity of MinnesotaCase Western Reserve UniversityJackson State UniversityUniversity of Southern California
Mots-clésPsychosocialGenome-wide association studyBlood pressureAnxietyGeneGeneticsBiologyPulse pressureGenetic associationPsychologyClinical psychologyPsychiatrySingle-nucleotide polymorphismEndocrinologyGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Psychological and social factors are known to influence blood pressure (BP) and risk of hypertension and associated cardiovascular diseases. To identify novel BP loci, we carried out genome-wide association meta-analyses of systolic, diastolic, pulse, and mean arterial BP, taking into account the interaction effects of genetic variants with three psychosocial factors: depressive symptoms, anxiety symptoms, and social support. Analyses were performed using a two-stage design in a sample of up to 128,894 adults from five ancestry groups. In the combined meta-analyses of stages 1 and 2, we identified 59 loci (p value < 5e−8), including nine novel BP loci. The novel associations were observed mostly with pulse pressure, with fewer observed with mean arterial pressure. Five novel loci were identified in African ancestry, and all but one showed patterns of interaction with at least one psychosocial factor. Functional annotation of the novel loci supports a major role for genes implicated in the immune response (PLCL2), synaptic function and neurotransmission (LIN7A and PFIA2), as well as genes previously implicated in neuropsychiatric or stress-related disorders (FSTL5 and CHODL). These findings underscore the importance of considering psychological and social factors in gene discovery for BP, especially in non-European populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,725
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,324
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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