DNA Methylation of the MHC Region in Rheumatoid Arthritis: Perspectives and Challenges
Notice bibliographique
Résumé
The MHC, which covers a region about 4 Mb at 6p21.3, is one of the most polymorphic regions in the human genome. With a high density of more than 200 genes, most of which are directly involved in the immune response to self or non-self antigens, MHC genes have long been associated with a wide range of complex human diseases, including autoimmune or inflammatory diseases and cancer. Rheumatoid arthritis (RA) is a systemic autoimmune disease; recent investigations in large genome-wide association studies using single-nucleotide polymorphisms have confirmed the correlation of classic HLA genes and non-classic HLA genes with RA in many populations1,2. Functional and structural analyses indicate that these genetic variants reside in the peptide-binding groove, which may affect the binding affinity of the citrullinated peptides, and eventually lead to the development of RA1,3. However, because of the heterogeneity among ethnic groups and clinical subtypes, the major RA-risk allele in MHC is quite different among different populations. For example, HLA-DRB1*04 includes the *04:01 and *04:04 alleles, which are the dominant RA-risk alleles in whites4, whereas DRB1*04:05/*0901 are the major RA-risk alleles in Asians, specifically for RA patients positive for anticitrullinated protein antibodies (ACPA)5,6. A recent … Address correspondence to W. Qiu or Y. Liu, 130 Dong An Road, Shanghai, China. Email: qiuwq{at}fudan.edu.cn; yliu39{at}fudan.edu.cn.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».