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Enregistrement W3099149396 · doi:10.1101/007369

Comparative analysis of principal components can be misleading

2014· preprint· en· W3099149396 sur OpenAlexfundno aff
Josef C. Uyeda, Daniel S. Caetano, Matthew W. Pennell

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2014
Typepreprint
Langueen
DomaineEarth and Planetary Sciences
ThématiqueEvolution and Paleontology Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDivision of Environmental BiologyNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorNational Science Foundation
Mots-clésPrincipal component analysisPrincipal (computer security)Computer scienceArtificial intelligenceComputer security

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Quantitative geneticists long ago recognized the value of studying evolution in a multivariate framework (Pearson, 1903). Due tolinkage, pleiotropy, coordinated selection and mutational covariance, the evolutionary response in any phenotypic trait can only be properly understood in the context ofother traits (Lande, 1979; Lynch and Walsh, 1998). This is of course also well-appreciated bycomparative biologists. However, unlike in quantitative genetics, most of the statistical and conceptual tools for analyzing phylogenetic comparative data (recently reviewed in Pennell and Harmon, 2013) are designed for analyzing a single trait (but see, for example Revell and Harmon, 2008; Revell and Harrison, 2008; Hohenlohe and Arnold, 2008; Revell and Collar, 2009; Schmitz and Motani, 2011; Adams, 2014b). Indeed, even classical approaches for testing for correlated evolution between two traits (e.g., Felsenstein, 1985; Grafen, 1989; Harvey and Pagel, 1991) are not actually multivariate as each trait is assumed to have evolved under a process that is independent of the state of the other (Hansen and Orzack, 2005; Hansen and Bartoszek, 2012). As a result of these limitations, researchers with multivariate datasets are often faced with a choice: analyze each trait as if they were independent or else decompose the dataset into statistically independent set of traits, such that each set can be analyzed with the univariate methods.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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