Abstract 15402: A Multi-ethnic Genome Wide Association Study of Aortic Stenosis in the Million Veteran Program Identifies Several Novel Loci
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Valvular aortic stenosis (AS) is common with high morbidity and mortality in the absence of surgical intervention, but no current medical therapies are known to prevent or slow disease progression. Previous genetic studies have identified several genetic loci associated with prevalent AS, including LPA and PALMD , although most evidence is limited to populations of European ancestry. Methods: We performed a trans-ethnic genome-wide association study (GWAS) of prevalent AS in the Veterans Administration Million Veteran Program (MVP). Cases were identified by a combination of diagnostic billing and surgical codes and validated by association to the known LPA variant (rs10455872). GWAS was run separately for White, Black, and Hispanic individuals, controlling for age, sex, and six principal components, and combined using fixed effects meta-analysis. Results were limited to variants with a minor allele frequency greater than 1% in the trans-ancestry analysis. Lead independent genome wide significant loci were annotated by nearest gene. Results: 300,182 White, 80,744 Black, and 32,069 Hispanic participants were available for analysis. Of these, there were 12,385 (4.1%) White, 1,444 (1.8%) Black, and 611 (1.9%) Hispanic AS cases. Trans-ethnic analyses identified 10 independent genome wide significant (GWS, p≤5x10 -8 ) loci, replicating 6 known AS genetic loci ( ALPL, PALMD, TEX41, LPA, IL6, FADS1 ), and identifying 4 novel genetic loci ( CEP85L, CELSR2, NCK1, SLMAP ), of which 2 were present at nominal significance in Hispanic ( CELS2R ) or Black ( SLMAP ) individuals. Ethnicity-specific analyses additionally identified 9 novel GWS loci in White individuals, and 3 novel GWS loci in Hispanic individuals. Newly identified loci supported known biological pathways in AS including lipid/metabolic, inflammatory, and calcification, but also implicated new pathways such as those pertaining to QT interval ( SLC35F1 ) and the Brugada Syndrome ( SLMAP ). Conclusions: In this large trans-ethnic GWAS for AS we replicate previously identified genetic loci for AS, and identified several novel loci both in trans-ethnic and in ethnic-specific analyses. These loci implicate known and novel biological mechanisms for future prevention and treatment of AS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».