Paraoxonase single nucleotide variants show associations with polycystic ovary syndrome: a meta-analysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Etiology of polycystic ovary syndrome (PCOS) is attributed to genetic and environmental factors. One environmental factor is oxidative stress. Paraoxonase 1 (PON1) is an antioxidant high-density lipoprotein-associated enzyme encoded by thePON1gene. ThePON1gene has been implicated in the risk for PCOS, the influence of which appears to come from single nucleotide variants (SNVs) at multiple genetic loci. However, association study reports have been inconsistent which compels a meta-analysis to obtain more precise estimates. Methods From 12 publications, extracted genotype data were used in two genetic procedures. First, linkage disequilibrium (LD) was used to group eightPONSNVs into three: LD1, LD2 and LD3. Second, frequencies of the variant (var), wild-type (wt) and heterozygous (het) genotypes were used for genetic modeling (allele-genotype for LD1 and standard for LD2 and LD3). Risk associations were expressed in terms of pooled odds ratios (ORs), 95% confidence intervals (CIs) andPa-values. Evidence was considered strong when significance was high (Pa < 0.0001) and heterogeneity absent (I2 = 0%). Pooled effects were subjected to modifier (power), subgroup (Asian/Caucasian), outlier, sensitivity and publication bias treatments. Multiple comparisons were Bonferroni-corrected. Results This meta-analysis generated 11 significant outcomes, five in LD1, six in LD2 and none in LD3. All six LD2 outcomes did not survive the Bonferroni-correction but two of the five in LD1 did. These two core LD1 findings conferred greater odds of PCOS to thevarallele in the highly significant (Pa < 0.0001) overall (OR 1.44, 95% CI 1.24–1.67) and Asian (OR 1.41, 95% CI 1.20–1.65) outcomes. Of these two core outcomes, the Asian effect was homogeneous (I2 = 0%) but not the overall (I2 = 29%). Conclusions Of the eightPONSNVs examined, two (rs854560 and rs662) were associated with PCOS risk. These 1.4-fold increased risk effects rendered Asians susceptible to PCOS. High statistical power, high significance, zero to low-level heterogeneity, robustness and lack of bias in the core outcomes underpinned the strong evidence for association.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,011 | 0,039 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».