The effects of taxonomy, diet, and ecology on the microbiota of riverine macroinvertebrates
Notice bibliographique
Résumé
Freshwater macroinvertebrates play key ecological roles in riverine food webs, such as the transfer of nutrients to consumers and decomposition of organic matter. Although local habitat quality drives macroinvertebrate diversity and abundance, little is known about their microbiota. In most animals, the microbiota provides benefits, such as increasing the rate at which nutrients are metabolized, facilitating immune system development, and defending against pathogenic attack. Our objectives were to identify the bacteria within aquatic invertebrates and determine whether their composition varied with taxonomy, habitat, diet, and time of sample collection. In 2016 and 2017, we collected 264 aquatic invertebrates from the mainstem Saint John (Wolastoq) River in New Brunswick, Canada, representing 15 orders. We then amplified the V3-V4 hypervariable region of the 16S rRNA gene within each individual, which revealed nearly 20,000 bacterial operational taxonomic units (OTUs). The microbiota across all aquatic invertebrates were dominated by Proteobacteria (69.25% of the total sequence reads), but they differed significantly in beta diversity, both among host invertebrate taxa (genus-, family-, and order-levels) and temporally. In contrast to previous work, we observed no microbiota differences among functional feeding groups or traditional feeding habits, and neither water velocity nor microhabitat type structured microbiota variability. Our findings suggest that host invertebrate taxonomy was the most important factor in modulating the composition of the microbiota, likely through a combination of vertical and horizontal bacterial transmission, and evolutionary processes. This is one of the most comprehensive studies of freshwater invertebrate microbiota to date, and it underscores the need for future studies of invertebrate microbiota evolution and linkages to environmental bacteria and physico-chemical conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».