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Enregistrement W3100188494 · doi:10.1038/s41436-020-00993-y

Defining the genotypic and phenotypic spectrum of X-linked MSL3-related disorder

2020· article· en· W3100188494 sur OpenAlexaff
Theresa Brunet, Kirsty McWalter, Katharina Mayerhanser, Grace M. Anbouba, Amy Armstrong‐Javors, Ingrid Bader, Evan H. Baugh, Amber Begtrup, Caleb Bupp, Bert Callewaert, Anna Cereda, Margot A. Cousin, Juan Carlos Del Rey Jimenez, Laurie Demmer, Nikita R. Dsouza, Nicole Fleischer, Ralitza H. Gavrilova, Sumedha Ghate, Elisabeth Graf, Andrew Green, Sarah R. Green, Maria Iascone, Ameni Kdissa, Dirk Klee, Eric W. Klee, Emily Lancaster, Kristin Lindstrom, Johannes A. Mayr, Meriel McEntagart, Naomi Meeks, Dana Mittag, Harrison Moore, Anne K. Olsen, Damara Ortiz, Gretchen Parsons, Loren D.M. Peña, Richard Person, Sumit Punj, Gonzalo Alonso Ramos-Rivera, María J. Guillen Sacoto, G. Bradley Schaefer, Rhonda E. Schnur, Tiana M. Scott, Daryl A. Scott, Carolyn R. Serbinski, Vandana Shashi, Victoria Mok Siu, Barbro Stadheim, Jennifer A. Sullivan, Jana Švantnerová, Lea Velsher, David S. Wargowski, Ingrid M. Wentzensen, Dagmar Wieczorek, Juliane Winkelmann, Patrick Yap, Michael Zech, Michael T. Zimmermann, Thomas Meitinger, Felix Distelmaier, Matias Wagner

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensNorth York General HospitalWestern University
Organismes subventionnairesVlaamse regeringDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésAutism spectrum disorderGeneticsMissense mutationExonNonsenseIntellectual disabilityFrameshift mutationMacrocephalyBiologyExome sequencingGenotypeAllelic heterogeneityGenotype-phenotype distinctionPhenotypeAutismMedicineGenePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: We sought to delineate the genotypic and phenotypic spectrum of female and male individuals with X-linked, MSL3-related disorder (Basilicata-Akhtar syndrome). METHODS: Twenty-five individuals (15 males, 10 females) with causative variants in MSL3 were ascertained through exome or genome sequencing at ten different sequencing centers. RESULTS: We identified multiple variant types in MSL3 (ten nonsense, six frameshift, four splice site, three missense, one in-frame-deletion, one multi-exon deletion), most proven to be de novo, and clustering in the terminal eight exons suggesting that truncating variants in the first five exons might be compensated by an alternative MSL3 transcript. Three-dimensional modeling of missense and splice variants indicated that these have a deleterious effect. The main clinical findings comprised developmental delay and intellectual disability ranging from mild to severe. Autism spectrum disorder, muscle tone abnormalities, and macrocephaly were common as well as hearing impairment and gastrointestinal problems. Hypoplasia of the cerebellar vermis emerged as a consistent magnetic resonance image (MRI) finding. Females and males were equally affected. Using facial analysis technology, a recognizable facial gestalt was determined. CONCLUSION: Our aggregated data illustrate the genotypic and phenotypic spectrum of X-linked, MSL3-related disorder (Basilicata-Akhtar syndrome). Our cohort improves the understanding of disease related morbidity and allows us to propose detailed surveillance guidelines for affected individuals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,285
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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