Large scale investigation in yeast, to identify novel gene(s) involved in mRNA non-stop decay pathway
Notice bibliographique
Résumé
Nonstop decay is an mRNA degradation pathway involved in identifying and eliminating transcripts that lack an in frame stop codon.Nonstop mRNAs are identified at the first round of translation when the ribosome reaches 3' mRNA and stalls and subsequently recruits other factors involved in NSD machinery for mRNA degradation.This process keeps the cell safe from possible harmful of the truncated proteins.Compared to other RNA degradation pathways, very little is known about the NSD mechanism.In order to identify novel genes involved in NSD, we first performed a large-scale analysis in Saccharomyces cerevisiae, and identified 68 gene candidates.From these results we picked three helicases, NAM7, ECM32, and SKI2 to further investigate their role in the NSD process.Spot test and colony count assay confirmed the role of selected candidates in NSD.The abundance of the nonstop mRNA was then evaluated using qRT-PCR method, and it was confirmed that the deletions of the selected candidates had no significant effect on nonstop mRNA at the transcriptional level when compared to the wildtype strain.Negative genetic interaction revealed the association between candidate genes and translational regulation genes.The results of this study confirm the role of candidates in NSD but further research to characterize these novel candidates is needed. List of abbreviations μLMicro liters oC Degrees Celsius
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».