Clinical Term Normalization Using Learned Edit Patterns and Subconcept Matching: System Development and Evaluation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Clinical terms mentioned in clinical text are often not in their standardized forms as listed in clinical terminologies because of linguistic and stylistic variations. However, many automated downstream applications require clinical terms mapped to their corresponding concepts in clinical terminologies, thus necessitating the task of clinical term normalization. OBJECTIVE: In this paper, a system for clinical term normalization is presented that utilizes edit patterns to convert clinical terms into their normalized forms. METHODS: The edit patterns are automatically learned from the Unified Medical Language System (UMLS) Metathesaurus as well as from the given training data. The edit patterns are generalized sequences of edits that are derived from edit distance computations. The edit patterns are both character based as well as word based and are learned separately for different semantic types. In addition to these edit patterns, the system also normalizes clinical terms through the subconcepts mentioned within them. RESULTS: The system was evaluated as part of the 2019 n2c2 Track 3 shared task of clinical term normalization. It obtained 80.79% accuracy on the standard test data. This paper includes ablation studies to evaluate the contributions of different components of the system. A challenging part of the task was disambiguation when a clinical term could be normalized to multiple concepts. CONCLUSIONS: The learned edit patterns led the system to perform well on the normalization task. Given that the system is based on patterns, it is human interpretable and is also capable of giving insights about common variations of clinical terms mentioned in clinical text that are different from their standardized forms.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».