Wenzhouxiangella Strain AB-CW3, a Proteolytic Bacterium From Hypersaline Soda Lakes That Preys on Cells of Gram-Positive Bacteria
Notice bibliographique
Résumé
A new haloalkaliphilic species of Wenzhouxiangella, strain AB-CW3, was isolated from a system of hypersaline alkaline soda lakes in the Kulunda Steppe using cells of Staphylococcus aureus as growth substrate. AB-CW3’s complete, circular genome was assembled from combined nanopore and Illumina sequencing and its proteome was determined for three different experimental conditions. AB-CW3 is an aerobic gammaproteobacterium feeding mainly on proteins and peptides. Unique among Wenzhouxiangella, it uses a flagellum for motility, fimbria for cell attachment and is capable of complete denitrification. AB-CW3 can use proteins derived from living or dead cells of Staphylococcus and other Gram-positive bacteria as the carbon and energy source. It encodes and expresses production of a novel Lantibiotic, a class of antimicrobial peptides which have so far only been found to be produced by Gram-positive bacteria. AB-CW3 likely excretes this peptide via a type I secretion system encoded upstream of the genes for production of the Lanthipeptide. Comparison of AB-CW3’s genome to eighteen other Wenzhouxiangella genomes from marine, hypersaline and soda lake habitats indicated one or two transitions from marine to soda lake environments followed by a transition of W. marina back to the oceans. Only nineteen genes appear to set haloalkaliphilic Wenzhouxiangella apart from their neutrophilic relatives. As strain AB-CW3 is only distantly related to other members of the genus, we propose to provisionally name it Candidatus “Wenzhouxiangella alkaliphila”.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».