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Enregistrement W3104088357 · doi:10.1038/s41586-020-2896-2

A reference map of potential determinants for the human serum metabolome

2020· article· en· W3104088357 sur OpenAlexafffund
Noam Bar, Tal Korem, Omer Weissbrod, David Zeevi, Daphna Rothschild, Sigal Leviatan, Noa Kosower, Maya Lotan‐Pompan, Adina Weinberger, Caroline Le Roy, Cristina Menni, Alessia Visconti, Mario Falchi, Tim D. Spector, Henrik Vestergaard, Manimozhiyan Arumugam, Torben Hansen, Kristine H. Allin, Tue H. Hansen, Mun‐Gwan Hong, Jochen M. Schwenk, Ragna S. Häussler, Matilda Dale, Toni Giorgino, Marianne Rodriquez, Mandy H. Perry, Rachel Nice, Timothy J. McDonald, Andrew T. Hattersley, Angus G. Jones, Ulrike Graefe‐Mody, Patrick Baum, Rolf Grempler, Cecilia Engel Thomas, Federico De Masi, Caroline Brorsson, Gianluca Mazzoni, Rosa Lundbye Allesøe, Simon Rasmussen, Valborg Guðmundsdóttir, Agnes Martine Nielsen, Karina Banasik, Konstantinos D. Tsirigos, Birgitte Nilsson, Helle Pedersen, Søren Brunak, Tugce Karaderi, Agnete Troen Lundgaard, Joachim Johansen, Ramneek Gupta, Peter Wad Sackett, J. Tillner, Thorsten Lehr, Nina Scherer, Christiane Dings, Iryna Sihinevich, Heather Loftus, Louise Cabrelli, Donna McEvoy, Andrea Mari, Roberto Bizzotto, Andrea Tura, Leen M. ‘t Hart, Koen F. Dekkers, Nienke van Leeuwen, Roderick C. Slieker, Femke Rutters, Joline W. J. Beulens, Giel Nijpels, Anitra D.M. Koopman, Sabine van Oort, Lenka Groeneveld, Leif Groop, Petra J. M. Elders, Ana Viñuela, Anna Ramisch, Emmanouil Dermitzakis, Beate Ehrhardt, Christopher Jennison, Philippe Froguel, Mickaël Canouil, Amélie Boneford, Ian McVittie, Dianne Wake, Francesca Frau, Hans‐Henrik Stærfeldt, Kofi P. Adragni, Melissa K. Thomas, Han Wu, Imre Pavo, Birgit Steckel-Hamann, Henrik S. Thomsen, Giuseppe N. Giordano, Hugo Fitipaldi, Martin Ridderstråle, Azra Kurbasic, Naeimeh Atabaki Pasdar, Hugo Pomares‐Millan, Pascal M. Mutie, Robert W. Koivula, Nicky McRobert, Mark I. McCarthy, Agata Wesolowska‐Andersen, Anubha Mahajan, Moustafa Abdalla, Juan Fernandez, Reinhard W. Holl, Alison Heggie, Harshal Deshmukh, Anita M. Hennige, Susanna Bianzano, Barbara Thorand, Sapna Sharma, Harald Grallert, Jonathan Adam, Martina Troll, Andreas Fritsche, Anita Hill, Claire E. Thorne, Michelle Hudson, Teemu Kuulasmaa, Jagadish Vangipurapu, Markku Laakso, Henna Cederberg, Tarja Kokkola, Yunlong Jiao, Stephen Gough, Neil Robertson, Hélène Verkindt, Violeta Raverdi, Robert Caïazzo, François Pattou, Margaret H. White, Louise A. Donnelly, Andrew Brown, David Davtian, Adem Y. Dawed, Ian Forgie, Ewan R. Pearson, Hartmut Ruetten, Petra Musholt, Jimmy D. Bell, E. Louise Thomas, Brandon Whitcher, Mark Haid, Claudia Nicolay, Miranda Mourby, Jane Kaye, Nisha Shah, Harriet Teare, Gary Frost, Bernd Jablonka, Mathias Uhlén, Rebeca Eriksen, Josef Korbinian Vogt, Avirup Dutta, Anna Jönsson, Line Engelbrechtsen, Annemette Forman, Nadja B. Søndertoft, Nathalie de Préville, Tania Baltauss, Mark Walker, Johann Gassenhuber, Maria Klintenberg, Margit Bergstrom, Jorge Ferrer, Jerzy Adamski, Paul W. Franks, Oluf Pedersen, Eran Segal

Notice bibliographique

RevueNature · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensCanadian Institute for Advanced Research
Organismes subventionnairesEuropean CommissionNational Institute for Health and Care ResearchMedical Research CouncilCanadian Institute for Advanced ResearchEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsDivision of ChemistryCouncil for Higher Education
Mots-clésMetabolomeMicrobiomeMetaboliteMetabolomicsHuman microbiomeBiologyComputational biologyAttributionGut microbiomeBioinformaticsGeneticsPhysiologyBiochemistryPsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,286
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations449
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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